resolwe平台的生物信息学管道
resolwe-bio的Python项目详细描述
用于Resolwe数据流包的Django framework生物信息学管道。
安装
先决条件
确保您的系统上安装了Python3.6。如果你没有的话 然而,跟随these instructions。
resolwe需要PostgreSQL(9.4+)。许多linux发行版已经包括 PostgreSQL的必需版本(例如Fedora 22+、Debian 8+、Ubuntu15.04+) 您只需通过发行版的包管理器安装它。 否则,请按照these instructions。
另外,从PyPI安装一些(间接的)依赖项将需要 安装了c编译器(例如GCC)和python开发文件 在系统上。
注意
安装c编译器和python开发文件的首选方法是 如果存在,请使用您的分发包。例如,在 基于fedora/rhel的系统,这意味着安装gcc和 python3-devel个包。
在GitHub
上使用源pip install --pre https://github.com/genialis/resolwe-bio/archive/<git-tree-ish>.tar.gz
其中<git-tree-ish>可以表示任何提交sha、分支名称、标记名称, 在Resolwe Bioinformatics’ GitHub repository等。例如,要安装 来自master分支的最新资源生物信息学,使用:
pip install --pre https://github.com/genialis/resolwe-bio/archive/master.tar.gz
贡献
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