二值化三维图像的厚度计算
pyezzi的Python项目详细描述
使用中描述的Yezzi和Prince方法计算实体的厚度 “计算组织厚度的欧拉pde方法”，ieee 《医学影像学汇刊》，第22卷，第10期，2003年10月。[1]
rubén cárdenes[2]的一个c实现帮助了我写这篇文章， 尤其是各向异性部分。
| [1] | http://dx.doi.org/10.1109/tmi.2003.817775 |
| [2] | http://www.dtic.upf.edu/~rcardenes/Ruben_Cardenes/Software.html |
要求
努比，赛顿，希基特图片。测试了Debian Jessie和Fedora 27， miniconda python 3.6，cython 0.24，numpy 1.11.2，scikit图片0.12.3
安装说明
PYPI上提供。[3] 使用pip:pip install pyezzi
或者，克隆存储库并使用 python setup.py build_ext --inplace。
| [3] | https://pypi.python.org/pypi/pyezzi |
用法
frompyezziimportcompute_thicknessthickness=compute_thickness(labeled_image,debug=True)
labeled_image是一个三维numpy数组，其中墙被标记为2 内部标记为1。
指定体素沿轴间距的spacing参数 无法指定选项。
查看example文件夹中包含的jupyter笔记本了解更多信息 细节。
厚度求解器实现注意事项
可以使用原始出版物中提到的有序遍历方法 使用yezzi_solver='ordered'关键字参数。但是，我们发现 它将工件引入到结果中。而且实现是在纯 所以它的求解速度比迭代算法慢。
贡献
请随意提交请求。 我知道代码远没有达到最佳状态。
许可证
这项工作是根据法国cecill许可证授权的。[4] 您可以自由使用和修改代码，但请引用原始文件和 我。
| [4] | https://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL_V2.1-en.html |
欢迎加入QQ群-->： 979659372
