ommprotocol 0.1.11

一些很酷的功能

• 不需要编码-只是一个yaml输入文件！

• 智能支持不同的输入文件格式：

  • topology：pdb/pdbx，mol2，amber的prmtop，charmm的psf，gromacs的top，desmond的dms
  • 位置：pdb、coor、inpcrd、crd、gro
  • 速度：pdb，vel
  • box向量：pdb、xsc、csv、inpcrd、gro
  • 已实现回退方法，并将尝试加载ParmEd可能支持的所有其他方法。

• 选择首选的轨迹格式（pdb、pdbx、dcd、hdf5、netcdf、mdcrd）和检查点（琥珀色、charmm、openmm xml状态）。
• 实时报告模拟进度，估计预计到达时间和速度。
• 检查点每n步。此外，如果发生错误，还会创建紧急救援文件。
• 为便于操作而自动调整轨迹。

安装和使用

如果已经安装了anaconda/miniconda，请下载latest installer或使用conda install -c omnia -c insilichem ommprotocol。更多细节here。

安装后，您应该能够运行：

ommprotocol <inputfile.yaml>

检查documentation以了解有关如何为ommprotocol创建输入文件的更多信息。

获取帮助

文档总是在ReadTheDocs处提供。如果您在运行ommprotocol时遇到问题，请随时create an issue！另外，请务必访问我们的主要网页insilichem.com。

引文

ommprotocol是一种科学软件，由公共研究资助（西班牙mineco的项目CTQ2014-54071-P、generalitat de catalonya的项目2014SGR989和研究资助2015FI_B00768、成本行动CM1306）。如果您在科学出版物中使用了ommprotocol，请引用它。这将有助于衡量我们的研究和未来资金的影响！手稿正在制作中。同时，请引用此存储库URL。

@misc{ommprotocol,
author       = {Jaime Rodríguez-Guerra Pedregal and
                Lur Alonso-Cotchico and
                Lorea Velasco and
                Jean-Didier Maréchal},
title        = {OMMProtocol: A command line application to launch molecular dynamics simulations with OpenMM},
url          = {https://github.com/insilichem/ommprotocol}}