nanome插件部署了几个与nanome集成的分子加载程序

nanome-loaders的Python项目详细描述


纳米装载机

Nanome通过URL或拖放式Web界面加载文件的Web加载程序插件。

这对Nanome&Nanome Curie(任务版)都有效

  • url加载器将通过rcsb的分子代码从rcsb加载分子
  • Web加载器将启动Web服务器其他人可以上传分子或其他文件到它,他们将出现在纳米

Web加载程序当前支持:

  • 分子:.pdb,.cif,.sdf
  • 演示文稿:.pptx、.ppt、.odp
  • 文档:.pdf

安装

$ pip install nanome-loaders

要使用Web加载程序加载非分子文件,应在运行插件的计算机上安装以下应用程序/包:

  • ImageMagick
  • 图书馆
  • 鬼脚本

特别是对于Windows,请确保这些应用程序位于PATH环境变量中(包含simpress.exe的文件夹应位于LibreOffice的PATH中)

在Ubuntu上,安全策略可能会阻止ImageMagick将PDF转换为images。 可以通过运行以下命令将其删除:

$ sudo mv /etc/ImageMagick-6/policy.xml /etc/ImageMagick-6/policy.xmlout

有关详细信息,请参见AskUbuntu上的此答案:https://askubuntu.com/a/1081907

使用量

启动插件:

$ nanome-url-loader -a plugin_server_address
$ nanome-web-loader -a plugin_server_address

在Linux上,您可能需要启动nanome web加载器作为sudo来监听端口80。

要打开的端口(用于Web UI的打开)可以通过使用-w:

$ nanome-web-loader -w 8080

纳米技术:

  • 激活插件
  • 点击运行
  • 对于URL加载程序:输入分子代码(例如“1yui”),然后单击“加载”
  • 对于Web加载器:分子列表应该是空的打开您的网络浏览器,转到“127.0.0.1”(或您的计算机来自另一台计算机的IP地址),然后添加支持的文件。您的文件将显示在nanome中

许可证

麻省理工学院

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