nanome插件部署了几个与nanome集成的分子加载程序
nanome-loaders的Python项目详细描述
纳米装载机
Nanome通过URL或拖放式Web界面加载文件的Web加载程序插件。
这对Nanome&Nanome Curie(任务版)都有效
- url加载器将通过rcsb的分子代码从rcsb加载分子
- Web加载器将启动Web服务器其他人可以上传分子或其他文件到它,他们将出现在纳米
Web加载程序当前支持:
- 分子:.pdb,.cif,.sdf
- 演示文稿:.pptx、.ppt、.odp
- 文档:.pdf
安装
$ pip install nanome-loaders
要使用Web加载程序加载非分子文件,应在运行插件的计算机上安装以下应用程序/包:
- ImageMagick
- 图书馆
- 鬼脚本
特别是对于Windows,请确保这些应用程序位于PATH环境变量中(包含simpress.exe的文件夹应位于LibreOffice的PATH中)
在Ubuntu上,安全策略可能会阻止ImageMagick将PDF转换为images。 可以通过运行以下命令将其删除:
$ sudo mv /etc/ImageMagick-6/policy.xml /etc/ImageMagick-6/policy.xmlout
有关详细信息,请参见AskUbuntu上的此答案:https://askubuntu.com/a/1081907
使用量
启动插件:
$ nanome-url-loader -a plugin_server_address
$ nanome-web-loader -a plugin_server_address
在Linux上,您可能需要启动nanome web加载器作为sudo来监听端口80。
要打开的端口(用于Web UI的打开)可以通过使用-w:
$ nanome-web-loader -w 8080
纳米技术:
- 激活插件
- 点击运行
- 对于URL加载程序:输入分子代码(例如“1yui”),然后单击“加载”
- 对于Web加载器:分子列表应该是空的打开您的网络浏览器,转到“127.0.0.1”(或您的计算机来自另一台计算机的IP地址),然后添加支持的文件。您的文件将显示在nanome中
许可证
麻省理工学院