比较rna建模程序moderna
moderna的Python项目详细描述
#moderna-比较rna建模程序
版权所有2009 Magdalena Rother、Kristian Rother、Tomasz Puton和Janusz M.Bujnicki
1.7.1版
主页：iimcb.geneselico.pl/moderna
技术支持：rothermagdalena> ##生成状态
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/lenarother/moderna.svg？branch=master）（https://travis ci.org/lenarother/moderna） ##安装说明 Moderna运行在任何现代Windows或Linux PC上。它需要Biopython库。 要在Linux上安装Moderna，您需要： 下载源发行版[Moderna1.7.1版（源）]. 解压缩存档文件。将创建带有主程序moderna.py的目录。 确保安装了Python2.6或更高版本。（在ubuntu linux上，使用sudo apt get install python。 确保安装了numpy（sudo apt get install python numpy）。 确保安装了biopython（sudo apt get install python biopython）。<；br>；（使用biopython 1.53-1.58进行测试） 确保moderna/moderna.py文件是可执行的：<；br>；chmod a+x moderna/moderna.py 将moderna目录的路径添加到pythonpath变量，例如：<；br>；export pythonpath=$pythonpath:/home/lena/moderna/ 运行：<；br>；python setup.py install
在此之后，您可以从任何位置写入：
要在Windows上安装Moderna，您需要：
下载源发行版[Moderna1.7.1版（源）].
解压缩存档文件。将创建带有主程序moderna.py的目录。
确保已安装这些库：<；br>；（所有这些库均可从iimcb.genesicio.pl/moderna获得） *Python2.6或更高版本 *麻木 *Biopython（用Biopython 1.53-1.58测试）
从终端运行：
< Buff行情>C:/python26/python.exe setup.py安装
之后，您可以在python shell中编写：
< Buff行情>>>> from moderna.moderna import *
moderna是在gpl许可下发布的，其副本包含在 发行版（有关详细信息，请参阅license_gpl.txt）。对于中的文件 pdb/目录，biopython许可证也适用。 有关详细信息，请参阅pdb/license\u biopython.txt）。
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作者对该程序造成的损害不承担任何责任 或其组件。
- Magdalena Rother-实现
- Pawel Piatkowski-实现
- Kristian Rother-架构和单元测试
- tomasz puton-模型验证和测试
- Janusz Bujnicki-概念和监督
我们的实验室同事Pawel Skiba Piotr Byzia Irina Tuszynska， 乔安娜·卡斯普扎克、朱雷克·奥尔洛斯基、帕维尔·卢卡斯、托马兹·奥辛斯基、马金 多玛加尔斯基，安娜·泽尔沃涅克，斯坦尼斯劳·杜宁·霍尔卡维奇，马辛·斯科鲁普斯基， 以及Marcin Feder在 开发。
moderna使用的pdb解析器使用biopython，并由 托马斯·哈默里克。单元测试框架是由 桑德拉·斯密特、罗伯·奈特和加文·哈特利。我们也要感谢 Neocles Leontis、Fabrice Jossinet、Francois Major和Eric Westhof， 在各种场合提供有用的建议。
特别感谢俄罗斯奥特曼小组，他们为我们提供了 他们测试moderna的建模示例。
Moderna的组成部分基于以下科学文献：
[1]Czerwoniec A，Dunin Horkawicz S，Purta E，Kaminska KH，Kasprzak JM，Bujnicki JM，Grosjean H，Rother K.《分子生物学：RNA修饰途径数据库》。2008年更新。《核酸研究》，2008年10月14日。
[2]Yang H，Jossinet F，Leontis N，Chen L，Westbrook J，Berman H，Westhof E.RNA碱基对的自动识别和分类工具。核酸研究2003年7月1日；31（13）：3450-60。
[3]Gendron P，Lemieux S，Major F.核酸三维结构的定量分析。J.mol Bio.2001年5月18日；308（5）：919-36。
[4]Michalsky E，Goede A，Preissner R.蛋白质中的环（LIP）-一个用于同源性建模的综合环数据库。蛋白质工程，2003年12月；16（12）：979-85。
[5]Cock PJ、Antao T、Chang JT、Chapman BA、Cox CJ、Dalke A、Friedberg I、Hamelryck T、Kauff F、Wilczynski B、De Hoon MJ。Biopython：免费提供用于计算分子生物学和生物信息学的Python工具。生物信息学。2009年6月1日；25（11）：1422-3。EPUB 2009年3月20日。
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