mitopipeline 1.1.post8

开始

此项目可以通过pip install mitopipeline下载以安装最新版本的mitoppipeline。或者，可以通过git clone https://github.com/timmykuo/mitopipeline.git直接克隆存储库，导航到克隆的存储库，然后运行python3 setup.py install。Documentation通过readthedocs托管。

用户必须下载samtools和bwa，makethem，并在其$path变量中包含可执行文件的路径，或者将它们复制到其binfolder中，以便可以从命令行运行它们。下载samtools和bwa的链接。此外，他们希望自己使用的第三方软件包（如gatk、annovar等）需要下载才能在管道中使用。

目的

在遗传学研究中，研究人员通常要求原始的基因组数据首先在不同的软件上运行，以提取有用的信息，如变异信息，然后才能进行分析。因此，我们希望提供一个管道，允许用户自动简化他们的处理流程。

该管道中包括的步骤包括从人类基因组中提取线粒体基因组、剪裁、分割完整基因组数据的间隙、对齐到numt清除，以及其他软件包，如gatk、snpeff、annovar。

管道

此图中显示的步骤将在“管道步骤”页中进一步描述。如果您的管道不需要每个步骤，则可以省略它。

学分

依赖项管理通过一个名为Luigi的python包来控制。此外，管道中的许多步骤都改编自sneha grandhi编写的脚本。看看她Github，LinkedIn，或者通过她的电子邮件联系她：sneha_grandhi@hms.harvard.edu。

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