mhc结合预测因子
mhcflurr的Python项目详细描述
[！[构建状态]（https://travis-ci.org/openvax/mhcflurry.svg？branch=master）]（https://travis ci.org/openvax/mhcflurry）
利用
等位基因特异模型集合进行预测。它在python 2.7和3.4+上运行，使用
the[keras]（https://keras.io）神经网络库。它公开了[命令行]（http://openvax.github.io/mhcflurry/command line\tutorial.html）
和[python库]（http://openvax.github.io/mhcflurry/python\tutorial.html）接口。
和J.Hammerbacher，“mhcflurry:开源I类mhc结合亲和力预测，”*细胞系统*，2018年。网址：https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/s2405-4712（18）30232-1。
《安装（pip）安装（pip）
>安装包：
`` ` `
$$pip install mhcflurry
` ` `
` ` `<
` ` ` `
` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` `<
` ` ` `现在可以生成预测：
`````
$mhcflurry predict\
--等位基因hla-a201-hla-a301\
--肽siinfekl siinfekd siinfeksiinfeksiinfekq\
--out/tmp/predictions.csv
<参见[文档]（http://openvax.github.github.io/mhcflurry/mhcflurry/）了解更多细节。
里亚尔模型变量和质量规格
默认mhcflurry模型在亲和力测量上接受训练。质量规范数据集仅包含在模型选择步骤中。我们还发布了实验性预测，其训练数据直接
包括质量规格。要下载这些预测，运行：
````
>$mhcflurry downloadry downloadry-downloads-fetch-models-fetch-class1_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_质量规格
``
>>然后让它们默认使用：
````````````
>
>
`````````>
>
>>
我们还发布了不使用质量规格
br/>````````````````规格数据集。要使用这些预测值，请运行：
```
$mhcflurry downloads fetch models_c1;uc1;selected_c1;no_c1;mass_c1;spec
export mhcflurry_c1;default_c1;uc1;models=$（mhcflurry downloads path models_c1;uc1;selected_c1;no_c1;mass_c1;spec）/models”
```
利用
等位基因特异模型集合进行预测。它在python 2.7和3.4+上运行，使用
the[keras]（https://keras.io）神经网络库。它公开了[命令行]（http://openvax.github.io/mhcflurry/command line\tutorial.html）
和[python库]（http://openvax.github.io/mhcflurry/python\tutorial.html）接口。
和J.Hammerbacher，“mhcflurry:开源I类mhc结合亲和力预测，”*细胞系统*，2018年。网址：https://www.cell.com/cell-systems/fulltext/s2405-4712（18）30232-1。
《安装（pip）安装（pip）
>安装包：
`` ` `
$$pip install mhcflurry
` ` `
` ` `<
` ` ` `
` ` ` ` `
` ` ` ` ` ` `<
` ` ` `现在可以生成预测：
`````
$mhcflurry predict\
--等位基因hla-a201-hla-a301\
--肽siinfekl siinfekd siinfeksiinfeksiinfekq\
--out/tmp/predictions.csv
<参见[文档]（http://openvax.github.github.io/mhcflurry/mhcflurry/）了解更多细节。
里亚尔模型变量和质量规格
默认mhcflurry模型在亲和力测量上接受训练。质量规范数据集仅包含在模型选择步骤中。我们还发布了实验性预测，其训练数据直接
包括质量规格。要下载这些预测，运行：
````
>$mhcflurry downloadry downloadry-downloads-fetch-models-fetch-class1_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_训练过的_质量规格
``
>>然后让它们默认使用：
````````````
>
>
`````````>
>
>>
我们还发布了不使用质量规格
br/>````````````````规格数据集。要使用这些预测值，请运行：
```
$mhcflurry downloads fetch models_c1;uc1;selected_c1;no_c1;mass_c1;spec
export mhcflurry_c1;default_c1;uc1;models=$（mhcflurry downloads path models_c1;uc1;selected_c1;no_c1;mass_c1;spec）/models”
```
欢迎加入QQ群-->： 979659372
