SamSifter 1.0.0

安装samsifer

安装或更新samsifer很容易，一旦你有了一个工作python3 使用PyQt4、matplotlib、numpy和pandas的环境。见 Detailled Installation Instructions 有关安装这些必需软件包的帮助。

通过执行 以下命令作为管理员：

pip3 install SamSifter

以前的版本将自动卸载。安装可以是 用

samsifter --help

如果一切顺利，您应该看到以下帮助文本：

usage: samsifter [-h] [-v] [-d]

SamSifter helps you create filter workflows for next-generation sequencing
data. It is primarily used to process SAM files generated by MALT prior to
metagenomic analysis in MEGAN.

optional arguments:
  -h, --help     show this help message and exit
  -v, --verbose  print additional information to stderr
  -d, --debug    show debug options in menu

在没有任何参数的情况下启动程序将显示gui并允许您 编辑第一个工作流。

第一步

若要开始工作，请将筛选器添加到空工作流。可以通过以下方式添加筛选器 双击右侧停靠中的可用条目或通过选择条目 从菜单[编辑>；添加筛选器…]。类似地，您可以双击过滤器 在工作流中编辑其设置和参数。左边的工具栏是 用于移动和删除筛选步骤。

您可以将工作流保存到文件中，单击 [run]按钮，甚至将其导出到bash脚本以在另一个脚本上运行 工作站。任何错误和消息都将在消息驳接中报告给您 在窗户的底部。

请随意重新安排这些码头，让您感到舒适-Samsifer 会记住你的设置。意外关闭的码头可以重新开放 从菜单[view]中。

卸载samsifer

要摆脱samsifer，只需以管理员身份执行以下命令：

pip3 uninstall SamSifter

python实用程序pip3将列出当前安装的所有 可选择删除的版本。同样地进行任何所需的 如果您不再需要软件包（例如matplotlib）。