hicstuff 1.5.6

打嗝

一个轻量级库，可以生成和处理与较酷兼容的2dbedGraph或instagraal格式的hi-c联系人地图。它本质上是yahcp管道、hicsuff库和其他功能的合并，如ow">3c教程和dade管道，都打包在一起，以获得额外的便利。

目标是使hi-c矩阵的生成和操作尽可能简单，并适用于任何生物体。

目录

• 安装
• 用法
  • 完整管道
  • 单个组件
• 库
• 连接模块
• 文件格式

安装

要安装稳定版本：

pip3 install -U hicstuff

或者，对于最新的发展版本锡安：

    pip3 install -e git+https://github.com/koszullab/hicstuff.git@master#egg=hicstuff

外部依赖性

管道实用程序需要bowtie2和/或minimap2以及samtools。

您可以通过Conda软件包管理器安装它们：

conda install -c bioconda minimap2 bowtie2 samtools

或者，在ubuntu上，你也可以通过apt:

apt-get install samtools bowtie2 minimap2 libbz2-dev liblzma-dev

Docker安装

DockerHub上提供了一个预构建的Docker映像，可以使用以下命令运行：

docker run koszullab/hicstuff

用法

全管道

可以使用hicsuff pipeline命令同时运行管道的所有组件。这允许从单个命令中的读取生成接触矩阵。默认情况下，输出稀疏矩阵是graal格式，但如果需要，它可以是2d bedgraph文件。更多详细的文档可以在readthedocs网站上找到：https://hicstuff.readthedocs.io/en/latest/index.html" rel="nofollow">https://hicstuff.readthedocs.io/en/latest/index.html

usage:
    pipeline [--quality-min=INT] [--size=INT] [--no-cleanup] [--start-stage=STAGE]
             [--threads=INT] [--aligner=bowtie2] [--matfmt=FMT] [--prefix=PREFIX]
             [--tmpdir=DIR] [--iterative] [--outdir=DIR] [--filter] [--enzyme=ENZ]
             [--plot] [--circular] [--distance_law] [--duplicates]
             [--centromeres=FILE] --genome=FILE <input1> [<input2>]

arguments:
    input1:             Forward fastq file, if start_stage is "fastq", bam
                        file for aligned forward reads if start_stage is
                        "bam", or a .pairs file if start_stage is "pairs".
    input2:             Reverse fastq file, if start_stage is "fastq", bam
                        file for aligned reverse reads if start_stage is
                        "bam", or nothing if start_stage is "pairs".

例如，使用8个线程运行minimap2的管道，并在目录out：

hicstuff pipeline -t 8 -a minimap2 -e DpnII -o out/ -g genome.fa reads_for.fq reads_rev.fq

管道也可以从python运行，使用hicstuff.pipeline子模块。例如，这将使用迭代对齐使用bowtie2（默认）运行管道，并保留所有中间文件。

fromhicstuffimportpipelineashpihpi.full_pipeline('genome.fa','end1.fq','end2.fq',no_cleanup=Trueiterative=Trueout_dir='out',enzyme="DpnII")

管道的一般步骤如下：

单个部件

对于更高级的用法，可以在命令行上独立使用不同的脚本来执行管道的各个部分。本自述包含快速描述和示例用法。要获取有关任何子命令的详细说明，可以使用hicstuff<；subcommon>；--help

迭代对齐

将fastq文件中的读取截短到20个基对，并迭代扩展和重新对齐未映射的读取，以优化3c库中唯一对齐的读取的比例。

usage:
    iteralign [--aligner=bowtie2] [--threads=1] [--min_len=20]
              [--tempdir DIR] --out_sam=FILE --genome=FILE <reads.fq>

pip3 install -U hicstuff

pip3 install -U hicstuff

pip3 install -U hicstuff

pip3 install -U hicstuff