动态多位点/多重复序列微卫星序列发生器。
generatr的Python项目详细描述
refgeneratr：动态多基因座/多重复域微卫星参考序列生成器
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refgeneratr（generatr）是一个python脚本/包，它生成用于序列的参考遗传序列（*fasta）对齐。
微卫星重复区域的范围和位点计数可能不同，因此该软件能够动态处理每个位点内的未确定的
重复区域的数量，如果需要的话，可以插入序列。最终用户可以通过
一个简单的xml文档指定任意多个区域/位置。它被解析，并以标准的*.fasta格式输出。
generatr需要lxml，在安装过程中应该为您安装哪些安装工具。
what's new
=====
installation prerequisites
====br/>=======
以下就足够了。现在，下载源代码并运行：
$python setup.py install
您可能需要也可能不需要sudo，这取决于您的系统。这将为您安装软件包，因此可以使用命令行中的"generatr"启动软件包。
最终，软件包将上载到pip上，以便您可以直接从终端安装软件包。
硬件要求
任何计算机都应该运行良好。但是，如果希望生成具有大量重复单元和/或轨迹的引用，可用的系统内存将成为瓶颈。
<；desired*.fasta file output>；]
-v启用终端用户反馈。
-i是包含所需信息的XML文件的路径，它遵循下面列出的要求。
-o是指向所需输出*.fasta/*.fa/*.fas文件的路径。
xml需求
==
xml文件示例如下：
<；？XML版本="1.0"？>；
<；data>；
<；locits label="example_locits_one">；
<；input type="fiveprime"spland="gcgaccctggaaagtgaggcttcgatcctcactcaagtcttcc"/>；
<；input type="repeat_region"order="1"unit="cag"start="1"end="100"/>；
<；inputtype="intervening"sequence="caacagccgcca"prior="1"/>；
<；input type="repeat_region"order="2"unit="ccg"start="1"end="20"/>；
<；input type="threeprime"splant="cctctcagcctcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgctcgcgcgcgcgctcgcgcgcgcgcgcgct"/>；
<；/位点>；
<；/数据>；
输入区域已尽可能直接。如果您希望在一个参考文件中有多个位点，则应显示附加的位点标记，并在其中嵌套相应的序列参数。从技术上讲，您可以指定多少个位点是没有限制的，尽管测试没有超出任何合理的数字。
可能的序列参数如下：
<；input type="fiveprime"silval="<；string>；"/gt；
这是五素数侧翼序列的输入。"type"必须是"fiveprime"，并且任何有效的序列都可以出现在
"splant"变量中。有效序列是由a、g、c、t、u、n组成的字符串。没有其他字符被视为有效。
<；input type="repeat_region"order="<；integer>；"unit="<；string>；"start="<；integer>；"end="<；integer>；"/gt；
这是重复区域的输入。order标志指示它在"sequence"中的位置。单位等于序列的重复单位
，开始/结束是希望此重复单位重复的范围的整数。generatr很有用，因为它可以处理未指定的
o号f每个位点的重复区域。
<；input type="interfering"sequence="<；string>；"prior="<；integer>；"
interfering标志用于中断重复序列。您的干预序列在"序列"下指定，并且此干预序列后面的重复区域
在"先前"中指示。例如，如果一个干预序列跟随一个order="1"的repeat_区域，
干预前的值也将是"1"。generatr可以处理零个、一个或多个中间序列；对于序列
的正确显示，唯一的规定是用户在相应中间区域的"previor"值下准确输入前面重复区域的"order"值。
<；input type="three prime"silve="<；string>；"/>；
三质数silve的输入遵循与五质数相同的逻辑。
感谢阅读。如果您对安装有任何疑问或问题，请随时发电子邮件给我，地址是：Alastair[Dot]Maxwell[at]Glasgow[Dot]AC[Dot]UK.
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refgeneratr（generatr）是一个python脚本/包，它生成用于序列的参考遗传序列（*fasta）对齐。
微卫星重复区域的范围和位点计数可能不同，因此该软件能够动态处理每个位点内的未确定的
重复区域的数量，如果需要的话，可以插入序列。最终用户可以通过
一个简单的xml文档指定任意多个区域/位置。它被解析，并以标准的*.fasta格式输出。
generatr需要lxml，在安装过程中应该为您安装哪些安装工具。
what's new
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installation prerequisites
====br/>=======
以下就足够了。现在，下载源代码并运行：
$python setup.py install
您可能需要也可能不需要sudo，这取决于您的系统。这将为您安装软件包，因此可以使用命令行中的"generatr"启动软件包。
最终，软件包将上载到pip上，以便您可以直接从终端安装软件包。
硬件要求
任何计算机都应该运行良好。但是，如果希望生成具有大量重复单元和/或轨迹的引用，可用的系统内存将成为瓶颈。
<；desired*.fasta file output>；]
-v启用终端用户反馈。
-i是包含所需信息的XML文件的路径，它遵循下面列出的要求。
-o是指向所需输出*.fasta/*.fa/*.fas文件的路径。
xml需求
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xml文件示例如下：
<；？XML版本="1.0"？>；
<；data>；
<；locits label="example_locits_one">；
<；input type="fiveprime"spland="gcgaccctggaaagtgaggcttcgatcctcactcaagtcttcc"/>；
<；input type="repeat_region"order="1"unit="cag"start="1"end="100"/>；
<；inputtype="intervening"sequence="caacagccgcca"prior="1"/>；
<；input type="repeat_region"order="2"unit="ccg"start="1"end="20"/>；
<；input type="threeprime"splant="cctctcagcctcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgcgctcgcgcgcgcgctcgcgcgcgcgcgcgct"/>；
<；/位点>；
<；/数据>；
输入区域已尽可能直接。如果您希望在一个参考文件中有多个位点，则应显示附加的位点标记，并在其中嵌套相应的序列参数。从技术上讲，您可以指定多少个位点是没有限制的，尽管测试没有超出任何合理的数字。
可能的序列参数如下：
<；input type="fiveprime"silval="<；string>；"/gt；
这是五素数侧翼序列的输入。"type"必须是"fiveprime"，并且任何有效的序列都可以出现在
"splant"变量中。有效序列是由a、g、c、t、u、n组成的字符串。没有其他字符被视为有效。
<；input type="repeat_region"order="<；integer>；"unit="<；string>；"start="<；integer>；"end="<；integer>；"/gt；
这是重复区域的输入。order标志指示它在"sequence"中的位置。单位等于序列的重复单位
，开始/结束是希望此重复单位重复的范围的整数。generatr很有用，因为它可以处理未指定的
o号f每个位点的重复区域。
<；input type="interfering"sequence="<；string>；"prior="<；integer>；"
interfering标志用于中断重复序列。您的干预序列在"序列"下指定，并且此干预序列后面的重复区域
在"先前"中指示。例如，如果一个干预序列跟随一个order="1"的repeat_区域，
干预前的值也将是"1"。generatr可以处理零个、一个或多个中间序列；对于序列
的正确显示，唯一的规定是用户在相应中间区域的"previor"值下准确输入前面重复区域的"order"值。
<；input type="three prime"silve="<；string>；"/>；
三质数silve的输入遵循与五质数相同的逻辑。
感谢阅读。如果您对安装有任何疑问或问题，请随时发电子邮件给我，地址是：Alastair[Dot]Maxwell[at]Glasgow[Dot]AC[Dot]UK.
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