原子文件化学结构分析包
chemstruct的Python项目详细描述
化学结构：化学结构分析包
关于
chemstruct是一个python包，用于原子文件（如.xyz文件）的结构分析和lammps上的分子动力学模拟。ChemStruct根据原子之间的距离，以及角度和二面体、杂化、循环等计算键。它还使用cGenff（charmm通用力场）原子分类和原始参数，用atom_style full为给定的.xyz文件编写lammps数据文件。
可以在examples目录中找到准备运行的示例。
用法
使用pip安装chemstruct:
pip3 install chemstruct
然后运行python，导入包并使用write_lmpdat()函数将xyz文件转换为lammps数据文件：
from chemstruct.quick import write_lmpdat write_lmpdat("yourdir/yourfile.xyz", "outdir/outfile.lmp")
请注意：
（1）当用户检查.par文件中的参数时，write_lmpdat()函数将中断（与输入.xyz文件在同一目录中写入，同名加上_(computed_parameters).par）。这是必需的，因为不是在输入文件中找到的所有bonds/angles/dihedrals都有参数，所以可能需要手动添加一些参数。另一个必要条件是原子电荷的选择，因为charmm没有一对一的电荷对应关系。Chemstruct提出收费建议。如果系统足够简单，则无需手动编辑。
（2）函数write_lmpdat()需要在输入.xyz文件中定义一个晶格，例如由ovito（开源可视化软件）生成的晶格。当系统是周期性的时就需要晶格——如果不是这样，那么在文件的第二行写Lattice="10.0 0.0 0.0 0.0 10 0.0 0.0 0.0 10.0"就可以了。
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