分子动力学轨迹的统计动力学分析。
sdanalysis的Python项目详细描述
statdyn分析
这是一组使用 Hoomd执行分子 玻璃形成分子液体的动力学模拟。有一个特别的 重点了解这些分子的动力学性质。
注意，这仍然是非常早期的alpha软件，而且可能有 发生的重大突破性变化。
安装
最简单的安装方法是使用conda。安装
conda install -c malramsay statdyn-analysis
还可以将存储库设置为开发环境， 在这种情况下，可以通过运行
git clone https://github.com/malramsay64/statdyn-analysis.git
cd statdyn-analysis
conda env create
source activate sdanalysis-dev
python setup.py develop
设置环境后，可以使用运行测试
pytest
运行分析
可以使用命令计算轨迹的动力学
sdanalysis comp-dynamics trajectory-Trimer-13.50-1.20.gsd
它将生成一个包含单个表的同名hdf5文件，
dynamics它列出了所有的动态量。这还包括
一种起始索引，可在此索引上计算统计数据。
最后是命令
sdanalysis figure
将打开一个bokeh服务器，允许交互式可视化
在当前目录中的所有dump-*.gsd文件中。
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