臃肿切除术：一种识别和删除电子健康记录和其他文件中膨胀的文字的方法。
bloatectom的Python项目详细描述
肿胀切除术
臃肿切除术：一种识别和删除电子健康记录和其他文件中膨胀的文字的方法。接受要标记为重复的注释列表或单个文件（.docx、.txt、.rtf等）或单个字符串。标记的输出和标记是输出。在
要求
- Python>；=3.7.x（为了使正则表达式正常工作）
- 关于
- 系统
- 熊猫（可选，仅当使用模拟III数据时才需要）
- docx（可选，仅当输入或输出是word/docx文件时才需要）
安装
使用水蟒或迷你水蟒
conda install -c summerkrankin bloatectomy
通过PyPI使用pip
如果默认值是python2，请确保将其安装到python3
通过github使用pip
python3 -m pip install git+git://github.com/MIT-LCP/bloatectomy
通过克隆存储库手动安装
git clone git://github.com/MIT-LCP/bloatectomy
cd bloatectomy
python3 setup.py install
示例
使用以下选项对示例字符串运行bloatecution：
- 突出显示重复项
- 显示原始结果
- 以html格式输出文件
- 带编号标记的输出文件：
from bloatectomy import bloatectomy
text = '''Assessment and Plan
61 yo male Hep C cirrhosis
Abd pain:
-other labs: PT / PTT / INR:16.6// 1.5, CK / CKMB /
ICU Care
-other labs: PT / PTT / INR:16.6// 1.5, CK / CKMB /
Assessment and Plan
'''
bloatectomy(text, style='highlight', display=True, filename='sample_txt_highlight_output', output='html', output_numbered_tokens=True)
要使用示例文本或加载ipynb示例，请下载存储库或仅下载bloatecution_examples文件夹
cd bloatectomy_examples
from bloatectomy import bloatectomy
bloatectomy('./input/sample_text.txt',
style='highlight', display=False,
filename='./output/sample_txt_highlight_output',
output='html',
output_numbered_tokens=True,
output_original_tokens=True)
文件
本文位于TBA
class bloatectomy(input_text,
path = '',
filename='bloatectomized_file',
display=False,
style='highlight',
output='html',
output_numbered_tokens=False,
output_original_tokens=False,
regex1=r"(.+?\.[\s\n]+)",
regex2=r"(?=\n\s*[A-Z1-9#-]+.*)",
postgres_engine=None,
postgres_table=None)
参数
input_text：文件，str，list
输入文档（.txt、.rtf、.docx）、文本字符串或postgres MIMICII数据库或原始文本的hadm_ID列表。在
style：str，可选，默认值=highlight
表示重复项的方法。允许以下内容：highlight，bold，remov。在
filename：str，可选，默认值=bloatectomized_file
一个字符串，用于命名已消除膨胀的文档的输出文件。在
path：str，可选，默认值=' '
输出文件的目录。在
output_numbered_tokens：bool，可选，默认值=False
如果设置为True，则将以[filename]_token_numbers.txt的形式输出一个.txt文件，其中每个标记都被枚举并标记为重复。这在诊断您自己的正则表达式进行标记化或测试style的remov选项时非常有用。在
output_original_tokens：bool，可选，默认值=False
如果设置为True，则将以[filename]_original_token_numbers.txt的形式输出一个.txt文件，其中每个原始（未标记）标记为枚举但未标记为重复。在
display：bool，可选，默认值=False
如果设置为True，完成后膨胀的文本将显示在控制台中。在
regex1：str，可选，默认值=r"(.+?\.[\s\n]+)"
第一个标记化的正则表达式。在句点（.）上拆分，后跟一个或多个空白字符（空格、制表符、换行符）或换行符（\n）。这可以替换为任何有效的正则表达式，以更改令牌的创建方式。在
regex2：str，可选，默认值=r"(?=\n\s*[A-Z1-9#-]+.*)"
第二个标记化的正则表达式。拆分任何换行字符（\n），后跟大写字母、数字或破折号。这可以替换为任何有效的正则表达式来更改子标记的创建方式。在
postgres_引擎：str，可选
postgres连接。仅适用于模拟III数据集。当从postgres中提取数据时，文件的hadm_id将附加到filename中（如果设置）或默认值bloatectomized_file。示例代码请参见jupyter笔记本mimic_bloatectomy_example。在
postgres_table：str，可选
包含连接注释的postgres表的名称。仅适用于模拟III数据集。当从postgres中提取数据时，文件的hadm_id将附加到filename中（如果设置）或默认值bloatectomized_file。示例代码请参见jupyter笔记本mimic_bloatectomy_example。在
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