PyMINEr：从大型数据集中自动获取生物学见解。
bio-pyminer的Python项目详细描述
自述文件
教程
我制作了一些视频，引导您了解输出以及如何在此处安装和使用PyMINEr： www.ScienceScott.com/pyminer在
这个存储库是用来做什么的？###在
- 细胞类型识别使用新的聚类算法，当应用于真实世界和合成数据集时，其性能优于一些竞争对手
- 基本统计和浓缩分析
- 通路分析
- 支持图论分析的基于Spearman相关的表达式图
- 在细胞类型内和跨细胞类型中建立硅预测的自分泌/旁分泌信号网络
- 基于这些分析创建可发布的视觉效果
- 生成解释运行结果的网页
- 未来的版本将包含更新的聚类方法，用于重建单细胞谱系，以及其他一些很酷的功能
如何设置？###在
PyMINEr现在可以安装pip了： python3-m pip安装bio pyminer 请注意，还有另一个名为pyminer的软件包，用于挖掘比特币-这绝对不是这样的，所以一定要安装bio pyminer！在
也可以使用设置.py在发行版中编写如下脚本： Python3设置.py安装
如何运行PyMINEr？### PyMINEr将一个经过清理和规范化（通常是日志转换的）制表符分隔的2D矩阵文本文件作为输入。 例如：
genes cell_1 cell_2 … ACTB 5.3012 6.3102 … … … … …
您可以在命令行中将此文本文件输入PyMINEr：
<引用>pyminer.py-我表达式.txt
如果有一个非常大的文件，可以将其转换为hdf5，以便在内存之外运行管道：
tab_到\u h5.py表达式.txt
这将生成3个文件： *表达式.hdf5 *ID_列表.txt基因列表（无标题行） *列_IDs.txt文件列的示例名称。在
就这样。不过，还有一些有趣的事情你可以做，比如如果你在研究一种非人类的东西，你应该能够忽略这个论点——物种， 后面是gProfiler获取的物种代码。这将自动进行大量的路径分析，只要你正在处理的变量可以被gProfiler映射到Ensembl基因id上。 默认值是智人（hsapiens）。在
gProfiler接受的物种代码列表如下：https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/page/organism-list
许可证### 对于非商业用途，PyMINEr可以通过AGPLv3许可证获得。商业实体应询问scottyler89@gmail.com
我该和谁说话？###在
- 回购所有者/管理员：scottyler89+bitbucket@gmail.com
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
