bcbio-nextgen 1.1.5

功能

• 社区发展：我们欢迎贡献者，目标是 克服生物学、算法和计算方面的挑战 在复杂的管道上工作的单个开发人员 快速变化的研究领域。有关示例，请参见我们的users page 对于bcbio nextgen部署和 关于贡献的提示。
• 安装：A single installer script准备所有 第三方软件、数据库和系统配置文件。
• Automated validation：将变量调用与公共引用进行比较 材料或样本特定的snp数组，以确保调用的正确性。 结合多种方法进行校准、制备和 变量调用可以实现算法的无偏比较。
• 分布式：关注parallel analysis and scaling来处理 大群体研究和全基因组分析。单程跑步 多核计算机，在使用IPython parallel的计算集群中， 或者在亚马逊云上。请参阅parallel documentation以获取完整信息 细节。
• 多种分析算法：bcbio nextgen提供可配置的 variant calling, RNA-seq and small RNA pipelines。

快速启动

1. Installbcbio-nextgen包含所有工具依赖项和数据文件：

   wget https://raw.github.com/bcbio/bcbio-nextgen/master/scripts/bcbio_nextgen_install.py
   python bcbio_nextgen_install.py /usr/local/share/bcbio --tooldir=/usr/local \
     --genomes GRCh37 --aligners bwa --aligners bowtie2
   

   生成引用已安装的 软件、数据和系统信息。

2. Automatically create a processing description样本fastq和bam文件 从您的项目，和一个csv文件的样本元数据：

   bcbio_nextgen.py -w template freebayes-variant project1.csv sample1.bam sample2_1.fq sample2_2.fq
   

   这将生成包含管道configuration options的sample description file。

3. 运行分析，分布在8个本地核心：

   cd project1/work
   bcbio_nextgen.py ../config/project1.yaml -n 8
   

文档

请参阅full documentation和longer analysis-based articles。我们欢迎使用GitHub的增强功能或问题报告 关于biovalidation mailing list的讨论。

贡献者

• Miika Ahdesmaki，阿斯利康
• Luca Beltrame，IRCC“Mario Negri”药理研究所，意大利米兰
• Christian Brueffer，瑞典隆德隆德大学
• Alla Bushoy，阿斯利康
• Guillermo Carrasco，斯德哥尔摩生命科学实验室
• Nick Carriero，西蒙斯基金会
• Brad Chapman，哈佛陈生物信息学核心
• Saket Choudhary，南加州大学
• Peter Cock，詹姆斯赫顿研究所
• Matthias De Smet，比利时根特大学医院医学遗传学中心
• Matt Edwards，麻省理工学院
• Mario Giovacchini，斯德哥尔摩生命科学实验室
• Karl Gutwin，生物素
• Jeff Hammerbacher，西奈山伊坎医学院
• Oliver Hofmann，墨尔本大学癌症研究中心
• John Kern
• Rory Kirchner，哈佛陈生物信息学核心
• Tetiana Khotiainsteva，阿迪根
• Jakub Nowacki，阿斯利康
• John Morrissey，哈佛陈生物信息学核心
• Lorena Pantano，哈佛陈生物信息学核心
• Brent Pedersen，科罗拉多大学丹佛分校
• James Porter，芝加哥大学
• Valentine Svensson，斯德哥尔摩生命科学实验室
• Paul Tang，旧金山大学
• Stephen Turner，弗吉尼亚大学
• Roman Valls，斯德哥尔摩生命科学实验室
• Kevin Ying，加文医学研究所，悉尼，澳大利亚
• Vlad Saveliev，圣彼得堡大学算法生物技术中心

许可证

代码可以在MIT license下免费获得。