反向翻译:反向翻译的功能。
backtranslate的Python项目详细描述
#反译 这个库提供了从氨基酸到 核苷酸。
from __future__ import unicode_literals
from backtranslate.backtranslate import BackTranslate
# Create a class instance, optionally giving the translation table id. bt = BackTranslate() # Find all substitutions that transform the codon ‘TTG’ into a stop codon. substitutions = bt.with_dna(‘TGG’, ‘*’)
有时我们无法获得DNA序列,所以我们必须找到 可能直接从氨基酸中取代。
# Find all substitutions that transform a Tryptophan into a stop codon. substitutions = bt.without_dna(‘W’, ‘*’)
找出哪些替代预测可以通过增加密码子来改进 信息,使用以下功能。
bt.improvable()
要以可读格式获取替换,我们可以使用以下命令:
from backtranslate.util import subst_to_cds
# Transform the substitutions to CDS coordinates. variants = subst_to_cds(substitutions, 12)
命令行界面 使用命令backtranslate查找解释氨基的替换 酸变化:
$ backtranslate with_dna -o 210 data/mhv.fa - 1 Leu 1 A C 1 A T
如果没有可用的引用,请使用不带dna的子命令:
$ backtranslate without_dna - Asp 92 Tyr 274 G T
命令find_stops查找导致 阻止密码子。当 分析大量病毒转录本。计算适当的核苷酸 给定的位置可以洞察有多少转录本处于活动状态。
$ backtranslate find_stops -o 210 data/mhv.fa - 216 A T 225 A T 230 C A 230 C G 243 A T …