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关于codon 相关联的Python项目和问题：

如何在Python中找到一个开放的阅读框架

我使用Python和正则表达式来查找ORF（打开阅读框）。查找子字符串仅由字母ATGC（无空格或新行）组成的字符串，该字母：以ATG开头，以TAG或TAA或TGA结尾，应考虑从第一个字符开始的序列 ...

2024-05-19 已阅读: n次

缩进错误：意外的不缩进为什么？

缩进错误：意外的不缩进为什么？？？ #!/usr/bin/python import sys class Seq: def __init__(self, id, adnseq, colen): ...

2024-05-19 已阅读: n次

在书写行之间创造空间

我目前正在创建一个函数，从其他函数读取数据并将其写入桌面上的文本文件。 def outputResults(filename): """This function serves to output a ...

2024-05-19 已阅读: n次

Python中的类常量字典

我正在构建一个具有类变量字典的模块： class CodonUsageTable: CODON_DICT={'TTT': 0, 'TTC': 0, 'TTA': 0, 'TTG': 0 ...

2024-05-19 已阅读: n次

将核苷酸翻译成氨基酸的Python

我有一个不起作用的函数。我必须将.txt文件中的核苷酸序列翻译成氨基酸，比较字符串和字典。有人能告诉我这有什么问题吗？输出仅显示.txt文件中的字符串，它被选为该文件中的氨基酸序列 f = open( ...

2024-05-19 已阅读: n次

DNA到蛋白质的翻译不正确

我没有错。始终刷新缓存和本地内存用于验证翻译的资源： [NCBI蛋白质翻译工具][1]（验证） [文本比较][2]（验证） [解决方案][3] 300个DNA字符->；100蛋白焦 # dn ...

2024-05-19 已阅读: n次

正确使用装饰剂

我刚刚开始在Python中使用decorators，我不知道如何正确地使用它。你知道吗假设我有这个代码： def viable_decorator(fonction_viable): def ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何阻止脚本超出范围？

当我感到无聊并想练习python时，我想我应该写一个脚本，将一些遗传代码转换成氨基酸序列。它一次只看一个字母，当它看到一个特定的序列时，就开始将三个基因密码转换成它们的等效氨基酸，并将它们串在一起，直 ...

2024-05-19 已阅读: n次

非常奇怪的Python变量作用域行为

我在Python2.7上遇到了一个让我发疯的问题。在我将一个数组传递给一些函数，虽然这个变量被suposed为local，但最终main中变量的值也会改变。在我有点反对Python，但我有点反对。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

为序列中某些出现之间的值创建列表。Python

我发布了一个关于阅读框架的后续问题。你知道吗 sequence = 'AAATGAAATAAGGATGGGGTAGTATGATGTGTTT' 我最终要寻找一个特定的模式“ATG”，我想扫描输入序列， ...

2024-05-19 已阅读: n次

如何在Linux命令Promp中调用外部输入和输出文件名来运行Python程序

在Python程序中，有几行代码可以打开输入文件： f = open('/home/han/fasta.txt',"r") 以及写入输出文件： ^{pr2}$ 但是，每次我想用不同的命令提示符在Li ...

2024-05-19 已阅读: n次

python，调试，函数不工作

我需要一些帮助来让我的功能发挥作用：函数differences应该使用两个密码子（字符串），如果位置上的字母相同，则返回一个包含0的列表，如果不相同，则返回1，例如differences（'TAG' ...

2024-05-19 已阅读: n次

varcode

变量代码 varcode是一个在python中处理基因组变异数据并预测这些变异对蛋白质序列的影响的库。安装您可以使用pip： pip install va ...

2024-05-19 已阅读: n次

gfeat

gfeat python genomic提供了来自原始文件（fasta、gtf和vcf）的提取器。 gfeat是提取不同dna特征用于基因组建模和分析的便捷工具。它允许得到，例如，转录子k ...

2024-05-19 已阅读: n次

extract-codon-alignment

提取密码子对齐 1简介 extract-codon-alignment（https://github.com/linzhi2013/extract_codon_alignment）是一个工具，用于从与 ...

2024-05-19 已阅读: n次

codon

扩展pycogent以拟合非平稳密码子模型。为执行相同操作提供CLI。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

seqrecord_expanded

tests package 另一个seqrecord类具有方法：退化seqs，密码子位置基于读取帧等用法默认情况下，它假定dna序列具有不明确的字符。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

backtranslate

#反译这个库提供了从氨基酸到核苷酸。 from __future__ import unicode_literals from backtranslate.backtranslate impor ...

2024-05-19 已阅读: n次

phydms

phydms启用phy使用deep m计算s扫描数据通知替换模型的日志遗传分析。它实现了experiminal informated codon models（expcm）用于系统发育推断和生物感兴 ...

2024-05-19 已阅读: n次

python_codon_tables

python密码子表图片：https://travis-ci.org/edinburgh-genome-foundry/codon-usage-tables.svg？branch=master：tar ...

2024-05-19 已阅读: n次

codon-harmon

密码子和声基于物种特异性密码子使用分布的氨基酸反向翻译和dna优化工具。物种特定数据可以在Codon Usage Database上使用NCBI Taxonomy database ...

2024-05-19 已阅读: n次

codonOpt

密码子优化程序包此包Python名称：codonOpt 目前版本： codonOpt 0.22 最后维护时间：Dec 28, 20 ...

2024-05-19 已阅读: n次

codon_tools

以各种方式操作同义密码子用法的工具包此包Python名称：codon_tools 目前版本： codon_tools 0.2 最后 ...

2024-05-19 已阅读: n次

codon-optimizer

用特定有机体中最常见的密码子替代密码子。此包Python名称：codon-optimizer 目前版本： codon-optimizer 0.2. ...

2024-05-19 已阅读: n次