一个简单的软件,以获得组成ngs数据集的功能的快速概述。
alfa的Python项目详细描述
alfa提供了组成ngs数据集的特征分布的全局概述。给定一组对齐读取(BAM文件)和注释文件(GTF格式),该工具生成这些读取在基因组类别(终止密码子、5'-UTR、CDS、基因间等)和生物类型(蛋白质编码基因、miRNA、tRNA等)之间的原始和规范化分布的图。不管是什么测序技术,不管是什么生物。
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贡献者
Mathieu Bahin,Benoit Noel,Auguste Genovesio(Biocomp团队,法国巴黎IBENS)
查尔斯·伯纳德、莱拉·巴斯蒂亚内利和瓦伦丁·穆里涅克斯