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关于ngs 相关联的Python项目和问题：

Snakemake:缺少所有规则的输入文件

我正在开发我的第一个Snakemake工作流，由于一个错误，我被卡住了我想先用一条规则来测试我的代码。我创建了fastQC规则。但是，当我运行snakemake时，会收到以下错误消息： Missin ...

2024-05-19 已阅读: n次

比较p中的两个字符串

我有两个排序的文本文件，它们都包含相同的600个样本的蛋白质序列，只是我们使用不同的方法来获得序列。现在，我们要比较两个文件中的序列，看看它们是否一致。你知道吗这是一个高通量序列比对，所以我想写一个 ...

2024-05-19 已阅读: n次

在python中，使用os.system调用一个模块，然后根据模块调用一个python模块。

我正在写一个python脚本。你知道吗这里的最终目标就是导入pysam。但是，要做到这一点，首先我要导入一套名为galaxy的工具，pysam就是其中之一。你知道吗如果在命令行上我首先加载gala ...

2024-05-19 已阅读: n次

使用python比较xml文件

我想比较这两个xml文件：文件1.xml： <ngs_sample id="40332"> <workflow value="salmonella" version="101_ ...

2024-05-19 已阅读: n次

查找最佳子字符串匹配

我正在寻找一个库或一个使用现有库（^{}，^{}，^{}）的库或方法来查找文本（query）中字符串（query）的最接近匹配我开发了一种基于difflib的方法，在这个方法中，我将corpus分成 ...

2024-05-19 已阅读: n次

将完整路径解释为相对路径的snakemake

我正在编写一个蛇形游戏来执行多个操作。除了最后一条（mvQsubLogs）之外，所有规则都适用于测试文件。一旦某些操作完成，最后一条规则应该将由qsub命令（我正在集群上运行snakemake）生成的 ...

2024-05-19 已阅读: n次

Pandas合并表

我正在尝试合并两个不同的表 Table 1 containing NGS FILE chromosome starting & END position and Sequence Table ...

2024-05-19 已阅读: n次

urlretrieve下载fi时挂起

我有一个非常简单的脚本，它使用urllib检索zip文件并将其放在我的桌面上。zip文件只有几MB大小，下载时间不长。然而，脚本似乎没有完成，只是挂起了。有没有办法强制关闭urlretrieve？。。 ...

2024-05-19 已阅读: n次

Django管理页面在Apach中不可用

我相信我的所有先决条件都是正确的，以使管理页面出现，我已经反复检查了一堆其他堆栈溢出的帖子，无法找出我的错误。非常感谢任何帮助。在所以我在我的Apache服务器上安装了Django。我去http:/ ...

2024-05-19 已阅读: n次

尝试使用python脚本在Xilinx中自动化fpga构建过程

我想自动化在xilinx中创建ngs、bit和mcs文件的整个过程，并让这些文件自动与svn存储库中的某些文件夹相关联。我需要知道的是，在xilinxgui的后端是否创建了一个日志文件，它记录了我运行 ...

2024-05-19 已阅读: n次

Python使用Fileinput替换单词

我在MacOSX上使用Python2.7，并编写了一个程序，将文件中的一个字替换成另一个字。每当这个单词出现在那个文件中时，我希望它被用户指定的另一个单词替换。它似乎在工作，但似乎在底部输出从文件复制 ...

2024-05-19 已阅读: n次

在Python中如何从给定的URL中提取主机名？

如何从：hostname:/file_name中提取主机名？例如在ngs.pradhi.com:/upload中，我想从中提取{}，并通过ssh.connect连接. 在我怎么能做到呢？在 ...

2024-05-19 已阅读: n次

sequana

Python version:3.5, 3.6 Online documentation: On readthedocs Issues and bug reports: ...

2024-05-19 已阅读: n次

DARE-NGS

下一代测序网关此包Python名称：DARE-NGS 目前版本： DARE-NGS 0.5dev-r160 最后维护时间：Oct ...

2024-05-19 已阅读: n次

Orange3-Variants

[orange3]（http://orange.biolab.si）的variants附加模块添加了处理vfc文件和snv数据的功能。安装要安装附加组件，请运行 pip install . 用 ...

2024-05-19 已阅读: n次

ngsscriptlibrar

ngsscriptlibrary 帮助AMC进行NGS数据分析的脚本集合。先决条件 Zlib和床具： sudo apt-get install zlib-dev wget https://githu ...

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nrc-ngs-dl

NRC LIMS数据下载程序说明 nrc lims datadownloader是一个用python编写的软件。该软件探索nrc-lims网站，下载所有序列文件，并将所有序列的元数据保存在sqlit ...

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ezBAMQC

“ezbamqc，一个检查映射的下一代测序文件质量的工具。” Codeology Icon: Description:ezBAMQC is a tool to check the qual ...

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barcode

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XYalign

广告和实质性影响变型呼叫。这里我们介绍xylalign，这是一个新的工具，它（1）在ngs数据中快速推断性染色体倍性，（2）基于推断的个体性染色体补体重新映射读取，（3）输出质量、深度和染色体上的等位 ...

2024-05-19 已阅读: n次

smallgenomeutilities

smallgenomeutilities是一个脚本集合，用于处理和操作小病毒基因组的ngs数据。它们是用python 3编写的，具有少量的依赖项。依赖关系生物圈努比进度皮萨姆 sklea ...

2024-05-19 已阅读: n次

ngsph

ngsphy是一个python开源工具，用于在全基因组范围内模拟从普通物种树下进化的数千个基因家族获得的ngs数据（读取计数或illumina读取），每个物种有多个单倍体和/或二倍体个体，其中测序覆盖 ...

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ngsutils

ngsutils-使用ngs数据的各种实用程序此包Python名称：ngsutils 目前版本： ngsutils 0.5.9 最 ...

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eQTLseq

基于ngs数据的多基因/变异关联的层次概率模型 ...

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SDST

执行ngs数据分析任务的有用例程此包Python名称：SDST 目前版本： SDST 0.9.14 最后维护时间：Jun 27, ...

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iCallSV

icallsv：从ngs数据集检测结构畸变 Author:Ronak H Shah Contact:rons.shah@gmail.com Source code:http://gith ...

2024-05-19 已阅读: n次

TreeToReads

#treetoreads从真实的系统发生学中生成下一代测序读取的模拟管道。可用于测试进化模型、进化率、突变的基因组分布、样本和参考基因组的系统发育关系对snp调用和进化推断的影响。输入是一种系统发育， ...

2024-05-19 已阅读: n次

bbcu.ngs-snakemake

python版本此项目当前正在使用Python2.7 安装建议使用virtualenv创建干净的python环境。要安装ngs snakemake，请使用pip： pip install ...

2024-05-19 已阅读: n次

dngsmgmt

dngsmgmt dngsmgmt是管理ngs项目的django应用程序快速启动将“dngsmgmt”添加到已安装的应用程序设置中，如下所示： INSTALLED_APPS = [ ...

2024-05-19 已阅读: n次

RNFtools

read naming format是用于分配的通用格式读取包含原始位置编码信息的名称。 rnftools是关联的软件包，可以：使用多种集成读取模拟器（ART、DWGSIM、Mas ...

2024-05-19 已阅读: n次

amptk

振幅 NGS采样工具包：文档：http://amptk.readthedocs.io/ 引文帕尔默JM，朱西诺马，班尼克山，林德纳。2018年。非生物合成的对照组和amptk软件管道提高了真菌群 ...

2024-05-19 已阅读: n次

ngsindex

#ngs index*[bai（https://samtools.github.io/hts specs/samv1.pdf）*[bai（https://samtools.github.io/hts ...

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