使用ngs索引格式的实用程序。
ngsindex的Python项目详细描述
#ngs index
*[bai(https://samtools.github.io/hts specs/samv1.pdf)
*[bai(https://samtools.github.io/hts specs/tabix.pdf)
*[csi(https://samtools.github.github.io/hts specs/tabix.pdf)
*[csi(https://samtools.github.io/hts specs/csisv2.pdf)
>
>
/>``bash
ppp安装ngsindex
ppp安装ngsindex
```
#用法
`` python
从ngsindex导入indextype,解析索引文件,从pathlib导入路径解析索引
bam文件=路径('/path/to/reads.bam')
bam索引文件的位置。
index文件=解析索引文件(bam文件,bai)
加载索引
index=parse_index(index_index(index_index文件)索引
循环遍历染色体索引
用于拆分BAI:
*https://github.com/samtools/hts specs/pull/321
*https://github.com/tomwhite/hts-specs/blob/sbi/samv1.tex
*[bai(https://samtools.github.io/hts specs/samv1.pdf)
*[bai(https://samtools.github.io/hts specs/tabix.pdf)
*[csi(https://samtools.github.github.io/hts specs/tabix.pdf)
*[csi(https://samtools.github.io/hts specs/csisv2.pdf)
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>
/>``bash
ppp安装ngsindex
ppp安装ngsindex
```
#用法
`` python
从ngsindex导入indextype,解析索引文件,从pathlib导入路径解析索引
bam文件=路径('/path/to/reads.bam')
bam索引文件的位置。
index文件=解析索引文件(bam文件,bai)
加载索引
index=parse_index(index_index(index_index文件)索引
循环遍历染色体索引
用于拆分BAI:
*https://github.com/samtools/hts specs/pull/321
*https://github.com/tomwhite/hts-specs/blob/sbi/samv1.tex