python样板包含创建python包所需的所有样板。
acpype的Python项目详细描述
=acpype=
python中的一个工具，用于使用前室为化学
化合物生成拓扑，并与其他python应用程序（如ccpn或aria）交互。
acpype被发音为“ace+pipe”
到目前为止要生成的拓扑文件：cns/xplor，gromacs，charmm和amber。
nb:acpype/前室生成的拓扑基于一般的琥珀力
场（gaff），应仅与兼容的力场（如amber和
其变体）一起使用。
已经为gromacs移植了几种琥珀力场（参见ffamber:
http://ffamber.cnsm.csulb.edu/）以及xplor/cns（请参阅xplor nih:
http://ambermd.org/xplor-nih.html）和charmm。
此代码是在GNU通用公共许可v3下发布的。
<；<；完全没有保修！！！>>gt；
>
-amb2gmx.pl（埃里克索林，大卫莫布里和约翰乔德拉）的灵感来源于：
-amb2gmx.pl（埃里克索林，大卫莫布里和约翰乔德拉和大卫莫布里和约翰乔德拉）
-yasara汽车里程：
http://www.yasara.org/automismiles.htm（elmar krieger）http://www.yasara.org/automismiles.htm（elmar krieger）（elmar krieger）
>
-topolbuild（布鲁斯光线）
>
>>
-xp错误，请引用：
1。Wang，J.，Wang，W.，Kollman P.A.；Case，D.A.“分子力学计算中的自动原子类型和
键类型感知”。分子图形学与建模杂志，25，2006，247260.
2.Wang，J.，Wolf，R.M.；Caldwell，J.W.；Kollman，P.A.；Case，D.A.
“一般琥珀力场的开发和测试”。计算化学杂志，25，2004，1157-1174。
待提交的手稿。
80网球场路，剑桥cb2 1ga，英国。
>；http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28<；
alanwilter位于gmail.com
=如何使用acpype=
==简介==
要运行*acpype*及其所有功能，您需要来自包
[http://amber.scripps.edu/\ambertools ambertools]和
[http://open babel.org/wiki/main\u page open babel]的*antechamber*如果您的输入文件是pdb
格式的，
除了*[http://www.python.org python]*。
目前，*acpype*只能通过*svn*下载：
*`svn checkout http://acpype.googlecode.com/svn/trunk/acpype`
一个人仍然可以通过：
*`wget http://acpype.googlecode.com/svn/trunk/acpype.py`
获得*acpype*，但要知道，一个人可能会遇到额外的麻烦，我不愿意以这种方式支持
。
==to test==
键入：
*`../acpype.py-i fff.pdb`
它将创建一个名为*fff.acpype*的文件夹，在该文件夹中可以找到gromacs和cns/xplor的拓扑
文件。
若要获得帮助和更多信息，请键入：
*`../acpype.py-h`
==在*acpype*文件夹中安装==
，类型：
>
*`ln-s$pwd/acpype.py/usr/local/bin/acpype `
并重新登录或启动另一个shell会话。
==要验证gmx==
{{{
cd f f f.acpype.acpype/
gro p p-c fff.gmx.gro-p fff.gmx.top-f em.mdp-o em.mdp-o em.tpr
mdrun-v-deffnmem
，mdrun-v-defffnmm-mdrun-v-defffmm-m-m
如果你有v md
vmd em.gro em.trr
em.gro-p f f f_gmx.top-f md.mdp-o md.tpr
mdrun-v-deffnm md
vmd md.gro md.trr
对于双核
grompp-c f f f戋gmx.gro-p fff戋gmx.top-f em.mdp-o em.tpr
om mpirun-n 2 mdrun戋mpi-v-defffm em
grompp-c em.gro-p fff戋gmx.top-f md.mdp-o md.tpr
om mpirun-n 2 mdrun戋mpi-v-defffm md
vmd md.gro md.trr
}}
==对任何给定的*prmtop*和*inpcrd*文件（来自amber leap的输出）进行模拟。类型：
*`acpype-p fff_ac.prmtop-x fff_ac.inpcrd`
输出文件“fff_gmx.gro”和“fff_gmx.top”将在输入文件的同一个
文件夹中生成。
==要使用cns/xplor==
验证*fff.acpype*文件夹中的cns/xplor=
，类型：
*`cns<；fff_cns.inp`
==使用NAMD进行验证==
*请参见[教程NAMD]
===
==
历史记录
==
0.1.0（2017-01-04）
----
*PYPI的首次发布。
python中的一个工具，用于使用前室为化学
化合物生成拓扑，并与其他python应用程序（如ccpn或aria）交互。
acpype被发音为“ace+pipe”
到目前为止要生成的拓扑文件：cns/xplor，gromacs，charmm和amber。
nb:acpype/前室生成的拓扑基于一般的琥珀力
场（gaff），应仅与兼容的力场（如amber和
其变体）一起使用。
已经为gromacs移植了几种琥珀力场（参见ffamber:
http://ffamber.cnsm.csulb.edu/）以及xplor/cns（请参阅xplor nih:
http://ambermd.org/xplor-nih.html）和charmm。
此代码是在GNU通用公共许可v3下发布的。
<；<；完全没有保修！！！>>gt；
>
-amb2gmx.pl（埃里克索林，大卫莫布里和约翰乔德拉）的灵感来源于：
-amb2gmx.pl（埃里克索林，大卫莫布里和约翰乔德拉和大卫莫布里和约翰乔德拉）
-yasara汽车里程：
http://www.yasara.org/automismiles.htm（elmar krieger）http://www.yasara.org/automismiles.htm（elmar krieger）（elmar krieger）
>
-topolbuild（布鲁斯光线）
>
>>
-xp错误，请引用：
1。Wang，J.，Wang，W.，Kollman P.A.；Case，D.A.“分子力学计算中的自动原子类型和
键类型感知”。分子图形学与建模杂志，25，2006，247260.
2.Wang，J.，Wolf，R.M.；Caldwell，J.W.；Kollman，P.A.；Case，D.A.
“一般琥珀力场的开发和测试”。计算化学杂志，25，2004，1157-1174。
待提交的手稿。
80网球场路，剑桥cb2 1ga，英国。
>；http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28<；
alanwilter位于gmail.com
=如何使用acpype=
==简介==
要运行*acpype*及其所有功能，您需要来自包
[http://amber.scripps.edu/\ambertools ambertools]和
[http://open babel.org/wiki/main\u page open babel]的*antechamber*如果您的输入文件是pdb
格式的，
除了*[http://www.python.org python]*。
目前，*acpype*只能通过*svn*下载：
*`svn checkout http://acpype.googlecode.com/svn/trunk/acpype`
一个人仍然可以通过：
*`wget http://acpype.googlecode.com/svn/trunk/acpype.py`
获得*acpype*，但要知道，一个人可能会遇到额外的麻烦，我不愿意以这种方式支持
。
==to test==
键入：
*`../acpype.py-i fff.pdb`
它将创建一个名为*fff.acpype*的文件夹，在该文件夹中可以找到gromacs和cns/xplor的拓扑
文件。
若要获得帮助和更多信息，请键入：
*`../acpype.py-h`
==在*acpype*文件夹中安装==
，类型：
>
*`ln-s$pwd/acpype.py/usr/local/bin/acpype `
并重新登录或启动另一个shell会话。
==要验证gmx==
{{{
cd f f f.acpype.acpype/
gro p p-c fff.gmx.gro-p fff.gmx.top-f em.mdp-o em.mdp-o em.tpr
mdrun-v-deffnmem
，mdrun-v-defffnmm-mdrun-v-defffmm-m-m
如果你有v md
vmd em.gro em.trr
em.gro-p f f f_gmx.top-f md.mdp-o md.tpr
mdrun-v-deffnm md
vmd md.gro md.trr
对于双核
grompp-c f f f戋gmx.gro-p fff戋gmx.top-f em.mdp-o em.tpr
om mpirun-n 2 mdrun戋mpi-v-defffm em
grompp-c em.gro-p fff戋gmx.top-f md.mdp-o md.tpr
om mpirun-n 2 mdrun戋mpi-v-defffm md
vmd md.gro md.trr
}}
==对任何给定的*prmtop*和*inpcrd*文件（来自amber leap的输出）进行模拟。类型：
*`acpype-p fff_ac.prmtop-x fff_ac.inpcrd`
输出文件“fff_gmx.gro”和“fff_gmx.top”将在输入文件的同一个
文件夹中生成。
==要使用cns/xplor==
验证*fff.acpype*文件夹中的cns/xplor=
，类型：
*`cns<；fff_cns.inp`
==使用NAMD进行验证==
*请参见[教程NAMD]
===
==
历史记录
==
0.1.0（2017-01-04）
----
*PYPI的首次发布。
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