pyabpoa：基于自适应带的simdbase偏序对齐
pyabpoa的Python项目详细描述
pyabpoa:abPOA Python接口
简介
pyabpoa为abPOA提供了一个易于使用的接口，它包含所有api，可用于对一组序列执行MSA，并从最终的对齐图调用一致性。在
安装
使用pip
安装pyabpoapyabpoa可以与pip一起安装：
pip install pyabpoa
从源代码
安装pyabpoa或者，您可以从以下源安装pyabpoa：
^{pr2}$示例
下面的代码演示了如何使用pyabpoa。在
import pyabpoa as pa
a = pa.msa_aligner()
seqs=[
'CCGAAGA',
'CCGAACTCGA',
'CCCGGAAGA',
'CCGAAGA'
]
res=a.msa(seqs, out_cons=True, out_msa=True, out_pog='pog.png') # perform multiple sequence alignment
# generate a figure of alignment graph to pog.png
for seq in res.cons_seq:
print(seq) # print consensus sequence
res.print_msa() # print row-column multiple sequence alignment in PIR format
您也可以尝试源文件夹中提供的示例脚本：
python ./python/example.py
原料药
班级pyabpoa.msa_校准工具
pyabpoa.msa_aligner(aln_mode='g', ...)
这构造了一个pyabpoa的多序列对齐处理程序，它接受以下参数：
- aln\u mode：对齐模式。'g'：全局，“l”：本地，“e”：扩展；默认值：'g'
- match：匹配分数；默认值：2
- gap_open1：第一个间隙打开惩罚；默认值：4
- gap_ext1：第一个间隙扩展惩罚；默认值：2
- gap_open2：第二个间隙打开惩罚；默认值：24
- gap_ext2：第二个间隙扩展惩罚；默认值：1
- extra_b：第一个自适应分带参数；设置为<；0以禁用自适应分带DP；默认值：10
- extra_f：第二个自适应条带paremet；在带的两个位点上添加的额外碱基的数目是b+f*L，其中L是对齐序列的长度；默认值：^{str1}$0.01
- 是二倍体：如果输入是二倍体数据，则设置为1默认值：0
- min_freq：为二倍体数据输出每个共识的最小频率默认：0.3
msa_aligner处理程序提供了一个方法，该方法执行多个序列对齐并接受四个参数：
pyabpoa.msa_aligner.msa(seqs, out_cons, out_msa, out_pog=None)
- seqs：包含一组输入序列的列表变量；positional
- ^{str{str}a positional}生成一致性
- out_msa：一个bool变量，用于请求pyabpoa生成RC-msa；positional
- out{pog：存储最终对齐图绘图的文件名（
.png或.pdf），默认值：None，默认值：None
班级pyabpoa.msa_结果
pyabpoa.msa_result(seq_n, cons_n, cons_len, ...)
此类描述生成的一致性序列和RC-MSA的信息。pyabpoa.msa_aligner.msa()的返回结果是此类的一个对象，具有以下属性：
- seq_n：输入对齐序列数
- cons\n：生成的一致序列数（通常为1，如果输入指定为二倍体，则可以为2）
- cons\u len：一致序列长度的数组
- cons\seq：一致序列的数组
- msa_len：RC-msa中每行的大小
- msa-seq：一个数组，包含演示RC-msa的
seq_n字符串，每个字符串由一个输入序列和几个表示对齐间隔的-组成。在
pyabpoa.msa_result()有一个功能print_msa，它将RC-MSA打印到屏幕上。在
pyabpoa.msa_result().print_msa()
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