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Python gillespie
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最新问答
我试图多次运行一个包含随机模拟x的函数。我尝试的第一件事是编写第二个函数，其中包含一个for loop来调用第一个函数x次
def repeat_func(start_state, LHS, stoc ...
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我正在尝试使用cProfile和pstats库对代码进行基准测试。这是我目前掌握的代码：
profile = cProfile.Profile()
profile.runcall(gillespie_ ...
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我正在研究一个描述蛋白质的模型。分子可能处于少数状态，从一种状态到另一种状态的转变是由包含跃迁速率的矩阵描述的。从常微分方程组的数值邻接矩阵开始求解。然而，为了得到过程的随机性，我想使用蒙特卡罗方法。 ...
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我想用python中的Gillespie算法（https://en.wikipedia.org/wiki/Gillespie_algorithm）模拟一个简单的生灭过程。你知道吗
在每一瞬间，每个人都 ...
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我想从用户模型中显示用户的用户名、名字和姓氏，然后从UserProfile中显示匹配的城市和国家。你知道吗
这些是模型：
# this is the model for city
class City ...
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在下面的代码中，我有两个函数：func1和{}。我已经将p_tot_stoch定义为func1内的全局变量。（把它放在函数中的原因是为了让Numba的@jit包装正常工作。。。Numba用于代码优化。 ...
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我正在处理一个考虑两个事件（W，M）的问题，并尝试使用Gillespie计算从W到M的时间衰减。这是问题的图示
我用以下代码解决了这个问题：
RMW = 1
RWM = 0.35
t = []
f ...
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我试图在python 3.7中实现Gillespie算法。
我有两个阵列：
popul_num = np.array([100, 200, 0, 0])
及
LHS = np.array([[1,1 ...
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我想在NetworkX图上模拟和可视化SIRS模型（恢复/删除的节点可能再次变得敏感）。每个节点也作为代理运行，并且可以在每个时间步选择以概率p隔离，因此不能在该时间步中感染
我用EoN.Gilles ...
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我试图用tsplot来可视化Gillespie算法，但是由于每个复制和处理的时间点集是不同的，所以这些点并不相连。有什么办法解决这个问题吗？下面是gammas示例的代码，其中我更改了一个时间点：
im ...
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最新项目
copasi是一个用于生化网络及其动力学模拟和分析的软件应用程序。copasi是一个独立的程序，它支持sbml标准中的模型，并且可以使用odes或gillespie的随机模拟算法来模拟它们的行为；这种 ...
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#stocal一个用于规则和基于规则的随机模拟的python框架。stocal是连续时间马尔可夫过程随机模拟的框架（也称为[gillespie模拟]（https://en.wikipedia.org/ ...
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这个包提供了一个可以继承的类，可以使用gillespie算法对离散随机过程进行自己的模拟。
使用pip3 install git+git://github.com/BPSB/OOGillespie或 ...
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