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Python refseq
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关于refseq 相关联的Python项目和问题：
最新问答
我正在写一个bash脚本来做一些事情。现在它将一些文件复制到正确的目录中并运行一些命令。我需要这个bash脚本来编辑JSON文件。实际上，此脚本将向存在于文件.JSON. 我不能仅仅附加数据，因为JS ...
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我对生物圈还不熟悉。使用此代码：
handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete", field="title", FILT="refseq" ...
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我有一个包含以下行的大文件DDD-1126N|refseq:NP_285726|uniprotkb:P00112和DDD-1081N|uniprotkb:P12121，我想获取uniprotkb之后的 ...
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问题：
我有一个文本文件，每行包含不同的物种名称，我将在下面提供一个示例，我有另一行包含文件路径和物种名称的列表（也包括在下面）。我想在第二个列表中找到第一个列表中的每个物种的示例（返回文件路径），但 ...
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我正在运行一个sql，我得到了错误
insert into pfam_uniprot (UniProtKB-AC, UniProtKB-ID, GeneID, RefSeq, GI, PDB, GO, ...
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我用Biopython尝试检索与我有一个GI（71743840）的蛋白质相对应的DNA序列，从NCBI页面这很容易，我只需要查找refseq。当我用python编写代码时，使用ncbi fetch实用 ...
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我正在迭代Python中的元组列表，在我看来中间的元素似乎被跳过了。下面是我的代码块，目标是删除将None作为第二个元素的任何元组：
print('List of tuples before modi ...
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我尝试编写一个Python脚本，从以下数据集中过滤出一些信息：
>Feature NC_000913<
190 255 CDS
gene thrL
...
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我有一个包含以下行的大文件DDD-1126N|refseq:NP_285726|uniprotkb:P00112和DDD-1081N|uniprotkb:P12121，我想获取uniprotkb后面的 ...
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我有一个refseq id（keys_list）的列表，我用它来使用BioPython Entrez下拉序列记录。我只想访问返回的fasta记录中的序列，但我不想将这些记录写入文件。在
我在试下面的代 ...
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我有一份细菌种类的清单，想在FTP服务器上数一数它们的菌株数量。但其中一些在NCBI中不存在，从而导致错误。如何跳过错误并继续计数
这是初始代码：
output = open("bact_count. ...
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我有一个错误的.gbk文件，我有一个更正列表，其格式如下
“Nuclotide地址：正确的核苷酸”
1:T
2:C
4:A
63:A
324:G
etc...
我知道如何用
^{pr2}$
我只需要 ...
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雪茄坐标
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cigar_coordinates是获取给定雪茄串坐标的工具。雪茄是按照参照顺序。孟冠良，见https://github.com/linzhi2013/cigar_coordinat ...
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MSA_雪茄
1简介
msa_cigars是获取多序列比对雪茄的工具。假设输入文件中有一个对齐！雪茄是按照参照顺序。孟冠良，见https://github.com/linzhi2013/msa_cig ...
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利用代表性序列（稀疏）应变预测和分析
稀疏索引＞100000个参考基因组在公共数据库中的层次聚类，并用它来预测宏基因组阅读的起源。
安装
UNIX上的稀疏运行，需要Python版本2.7（Py ...
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包来调查针对refseq的mash攻击
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包来调查针对refseq的mash攻击
此包Python名称：BactInspector
目前版本： BactInspector 0.0.4
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