我用Biopython尝试检索与我有一个GI(71743840)的蛋白质相对应的DNA序列,从NCBI页面这很容易,我只需要查找refseq。当我用python编写代码时,使用ncbi fetch实用程序,我无法找到一种方法来检索任何有助于我转到DNA的字段。在
handle = Entrez.efetch(db="nucleotide", id=blast_record.alignments[0].hit_id, rettype="gb", retmode="text")
seq_record=SeqIO.read(handle,"gb")
seq中有很多信息_记录.特征,但必须有一个更简单和明显的方法来做到这一点,任何帮助将不胜感激。 谢谢!在
您可以尝试访问SeqRecord的注释:
在您的例子中,
nucleotide_accession
是“REFSEQ:accessment NM_000673.4”现在看看您是否可以解析这些注释。只有这个测试用例:
^{pr2}$你可以利用艾琳,请求与核苷酸序列的UID相对应的蛋白质序列的UID:
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