生物赛顿研究中心（）查询翻译与我的查询不对应

Question

我对生物圈还不熟悉。使用此代码：

handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete", field="title", FILT="refseq", porgn="viruses", rettype='xml')
print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']

我得到：

^{pr2}$

但我期待这样的事情：

complete[Title] AND "viruses"[porgn]

（查询来自http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore的搜索结果）

refseq过滤器似乎也不起作用。我做错什么了？ 提前谢谢！在

Answer 1

要添加RefSeq要求，您可以

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete[title] AND refeq[filter] AND viruses[porgn]", rettype='xml')

Answer 2

我认为您需要编辑您的term关键字参数。您需要包括AND viruses[porgn]

>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete AND viruses[porgn]", field="title", FILT="refseq", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[Title] AND viruses[porgn]

Answer 3

根据当前的NCBI文档，没有FILT或progrn选项-NCBI可能会默默地忽略它们（个人而言，我更希望它们发出明确的错误消息）。在

基于http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK25499/#chapter4.ESearch你现在可以

>>> from Bio import Entrez
>>> handle = Entrez.esearch(db="nuccore", term="complete", field="title", rettype='xml')
>>> print Entrez.read(handle)[u'QueryTranslation']
complete[Title]

作为替代：

^{pr2}$

这个字段选项（我确信）是NCBI的一个新特性，但实际上并没有添加任何新功能。它似乎只对琐碎的搜索有意义。在

要执行您似乎想要的复杂搜索，请执行以下操作：

^{3}$

在Biopython教程中有这样的例子。另请参见http://news.open-bio.org/news/2009/06/ncbi-einfo-biopython/（现在也在Biopython教程中）。在