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关于illumina 相关联的Python项目和问题：
最新问答
如何在python中将其随机切片为150bp长的片段？我想把它切成1000块，然后把每次的碎片集中在一起。这是为了模拟Illumina测序。你知道吗
以下是示例：
seq = 'ATGGAAAAAGA ...
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我有一个6列的CSV文件。我将它加载到内存中，并通过一些方法进行处理。我的结果是一个包含4列的数据帧，如下所示：
name number Allele Allele
aaa 111 A ...
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我是新来的。通过遵循Illumina概述教程，我运行了：
!validate_mapping_file.py -o vmf-map/ -m map.tsv
然后我收到一条错误消息：
/bin/sh: ...
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这个问题以前被问过，但我的问题是非常具体，因此我张贴的问题。你知道吗
我有一个这样的文件：
chr10 100008748 100010821 2 2 1
chr10 100011459 100012 ...
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我发现使用awss3cp比boto从s3公共存储库下载文件更快。你知道吗
因为某种原因，如果我用两者来做我的工作，我的工作执行得很好。你知道吗
如果我使用操作系统（'aws s3 cp s3://10 ...
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我要把Illumina和CASPER合并。出于某些原因，它对某些文件有效，而对其他文件无效。“终端打印”死亡人数：9". 9是的返回值操作系统（我正在使用python）。我知道CASPER停止合并如果 ...
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最新项目
methylprep是一个用于处理illumina甲基化数组数据的python包。
查看ReadTheDocs.
methpype包
methpype包包含用于处理本地文件数据的高级api和允许 ...
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methpype是一个用于处理illumina甲基化数组数据的python包。
查看ReadTheDocs.
methpype包
methpype包包含用于处理本地文件数据的高级api和允许您自 ...
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通过rest api与illumina basespace clarity lims服务器交互的基本模块。
目标是以合理的python方式提供对最常见实体及其属性的简单访问。
...
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包装：bbcu.reportilluminainterop
该包创建包含排序运行统计信息的文件（illumina的hiseq或nextseq机器）。
run命令是：
run-sav-stat.py–输 ...
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用例
您有一个或多个illumina sequencers，它们正在写入已装入的文件系统（如nfs）。
您需要一种方法来检测何时有新的、已完成的排序运行目录，然后重新定位
到冗余 ...
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dmethylation——dmethylation是一个用于存储illumina甲基化数据的django应用程序。它可用于illumina infinium人类甲基化450 beadchip和inf ...
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本模块包含用于Illumina IScan微阵列数据后基因组研究处理的类和方法。此外，还提供了gtmanipular模块的gui实现。 ...
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通过Postgres数据库与Clarity LIMS服务器交互的基本模块。
目标是以合理的python方式提供对最常见实体及其属性的简单访问。
...
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使用Trimmomatic的自动照明读数微调
此包Python名称：illumiprocessor
目前版本： illumiprocessor 2. ...
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样品表
一个许可的库，用于替换Illumina's Experiment Manager。
❯ pip install sample-sheet
或者在设置Bioconda chan ...
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barseq
用于分析barseq数据的python包。
安装
pip install git+https://github.com/mjmlab/barseq.git@master
使用量
b ...
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#filterúilluminaúu index##根据索引序列筛选illumina FASTQ文件。读取illumina FASTQ文件，并将序列标识符的`sample number`位置中的序列索 ...
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博拉
bohra是微生物基因组学管道，主要设计用于公共卫生，但也可能在研究环境中有用。管道接受一个以制表符分隔的文件作为输入，该文件的独立ID后跟到READ1和READ2的路径、对齐的引用和唯一 ...
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Illumina Sequencer度量分析工具包。
此包Python名称：illuminate
目前版本： illuminate 0.6.5
...
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Seroba:Serotyping for ligumina reads
此包Python名称：seroba
目前版本： seroba 1.0.0
...
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用于Illumina对端数据（用于Casava 1.8+）的脚本库和集合。
此包Python名称：illumina-utils
目前版本： illu ...
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illumina interop库是一组通用例程，用于读取illumina序列器生成的interop度量文件。这些库是向后兼容的，能够支持软件的早期版本，但有一个例外：ga系统被排除在外。
...
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