如果python操作系统()

Question

我发现使用awss3cp比boto从s3公共存储库下载文件更快。你知道吗

因为某种原因，如果我用两者来做我的工作，我的工作执行得很好。你知道吗

如果我使用操作系统（'aws s3 cp s3://1000genomes/XXX/home/admin/data/XXX'）实例将文件下载到本地驱动器，但随后无法继续执行脚本。你知道吗

我在/var/log/cloud中没有看到任何错误-初始输出文件

这是cloud init输出文件

Cloud-init v. 0.7.6 running 'modules:config' at Thu, 10 Dec 2015 15:50:39 +0000. Up 91.85 seconds.
Generating locales (this might take a while)...
  en_US.UTF-8... done
Generation complete.
2015-12-10 15:50:44,535 - util.py[WARNING]: Running apt-configure     (<module     'cloudinit.config.cc_apt_configure' from '/usr/lib/python2.7/dist-packages/cloudinit/config/cc_apt_configure.pyc'>) failed
Cloud-init v. 0.7.6 running 'modules:final' at Thu, 10 Dec 2015 15:50:44 +0000. Up 97.16 seconds.
chr20 test [('HG00097', 's3://1000genomes/phase3/data/HG00097/alignment/HG00097.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20130415.bam', 's3://1000genomes/phase3/data/HG00097/alignment/HG00097.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20130415.bam.bai'), ('HG00096', 's3://1000genomes/phase3/data/HG00096/alignment/HG00096.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam', 's3://1000genomes/phase3/data/HG00096/alignment/HG00096.chrom20.ILLUMINA.bwa.GBR.low_coverage.20120522.bam.bai')] #Output from the script. This works.
Cloud-init v. 0.7.6 finished at Thu, 10 Dec 2015 15:51:02 +0000. Datasource   
DataSourceEc2.  Up 115.24 seconds

如果我ssh到实例中并运行相同的用户数据命令，它就会工作！你知道吗

#!/bin/bash
mount /dev/xvdb /home/admin/data
chmod 777 /home/admin/data
rm -rf /home/admin/data/*
python /home/admin/src/chr20_test.py 0

为什么当我提交带有用户数据的作业时，它无法生成我想要的输出文件（但设法从s3下载了文件）？但是当我ssh到实例中并运行相同的命令时，它能工作吗？你知道吗