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使用subprocess.Popen的Python内存分配错误
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<p>我在做一些生物信息学的工作。我有一个python脚本,它曾经调用一个程序来完成一个昂贵的过程(序列对齐..使用大量的计算能力和内存)。我用subprocess.Popen调用它。当我在一个测试用例上运行它时,它完成并完成得很好。但是,当我在完整的文件上运行它时,如果它必须为不同的输入集多次执行此操作,它就会死掉。子进程抛出:</p> <pre><code>OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory </code></pre> <p>我发现有几个链接<a href="https://stackoverflow.com/questions/978841/memory-error-in-python">here</a>和<a href="https://stackoverflow.com/questions/4098162/python-memory-error">here</a>和<a href="https://stackoverflow.com/questions/3016347/python-subprocess-cannot-allocate-memory-after-a-few-days-of-not-restarting-apa">here</a>指向类似的问题,但我不确定它们是否适用于我的案例。</p> <p>默认情况下,序列对齐器将尝试请求51000M内存。它并不总是使用那么多,但它可能。在加载和处理完整的输入之后,就没有那么多了。但是,如果在运行时限制它请求的或将尝试使用的数量,使其低于可用的数量,则仍然会出现相同的错误。我也试过用shell=True和相同的东西运行。</p> <p>这件事已经困扰我好几天了。谢谢你的帮助。</p> <p>编辑:展开回溯:</p> <pre><code>File "..../python2.6/subprocess.py", line 1037, in _execute_child self.pid=os.fork() OSError: [Errno 12] Cannot allocate memory </code></pre> <p>抛出错误。</p> <p>Edit2:在64位ubuntu 10.4上运行python 2.6.4</p>
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匿名
1天前
擅长:python、mysql、java
<p>是否使用subprocess.PIPE?我遇到了问题,在使用它的时候读到了一些问题。临时文件通常可以解决这个问题。</p>
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