Python找到tubeshape结构，填充空洞，并生成二进制掩码用于下游图像处理

Question

第一次张贴在这里。在

我正在为一个生物工程项目进行图像处理，我正在使用Python（主要是Skimage包）对我们拍摄的图像进行批处理。每个图像中有6-8个试管，细胞在其中流动。在每个时间点，我们捕捉到正常的明亮场图像，以及荧光图像。我试图根据明亮的场图像来识别管子，把管子从背景中分离出来，并给它们贴上标签。掩蔽/标记后的图像将用于荧光图像的下游处理，在那里我们识别细胞并得到它们的形状度量。在

太长了，读不下去了，不能用EP>THL；Prthon；SkI象；图像处理；在亮场图像中从背景中分离出管状结构。在

我将用一个例子来说明我所做的。我想包括所有的中间图像，但我没有任何声誉点张贴超过两个图像。所以我将展示第一张和最后一张图片。在

1. 我首先裁剪了比例尺，得到了一个灰度图像，这是得到的图像。bf_image

2. 我用sobel_h过滤器来找到水平边。在

   bf_sobel = sobel_h(bf_cropped)
   io.imshow(bf_sobel)
   

3. 然后我尝试了所有的阈值，并选择了一个我觉得不错的阈值算法（otsu）

   fig, ax = try_all_threshold(bf_sobel, figsize=(25,20), verbose=False)
   plt.show()
   bf_threshold = threshold_otsu(bf_sobel)
   bf_thresholded = bf_sobel > bf_threshold
   io.imshow(bf_thresholded)
   

4. 然后，我应用了关闭函数并删除了小的峎对象。在

   ^{3}$

   bf_small_removed

这就是我被困的地方。我正在尝试填充管边之间的间隙，并为各个管创建遮罩以将它们与背景分开。有什么建议吗？谢谢！！！在