使用scikit-bio编写多个fasta条目写入

Question

我尝试使用scikit bio读取FASTA文件条目，然后将某些条目写回另一个文件，如果它满足某些要求。我遇到的问题是.write方法似乎打开和关闭一个文件，因此每个条目都覆盖前面的条目。在

In [39]: f = 'seqs.fna'
         seqs = skbio.io.read(f, format='fasta')
         for seq in seqs:
             if seq.metadata['id'] in ['47P50SDHBQ1PA_0', '4OZ9UI889OL5V_1', '2EC8VWHQD1LW5_2']:
                 print('True')
                 seq.write('foo.txt')

True
True

我希望在这种情况下，两个条目将被写入foo.txt，但是只有最后一个条目存在。如何将符合条件的所有序列写入文件？在

Answer 1

写入同一个打开的文件，而不是指定文件路径：

^{1}$

或者，您可以使用skbio.io.write来编写序列生成器：

^{pr2}$