使用Ctypes在Python中加载编译的Matlab共享库

Question

我试图在Python中进行不完全的Cholesky分解，但找不到直接的Python包。在

因为我能在网上找到的大多数可用代码都是用Matlab编写的，所以我想绕道过去

• 将matlab代码编译到一个共享库（我使用macos和matlab_2014a，因此它应该生成.dylib文件）
• 使用Ctypes在Python中加载库

下面列出了详细的步骤：

0。下载Matlab源代码

代码可以从F.Bach的网页link to zip file下载，该网页包含以下文件：

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m            csi.dll             csi.mexglx          csi_gaussian.dll    csi_gaussian.mexglx readme.txt
csi.c               csi.m               csi_gaussian.c      csi_gaussian.m      demo_csi.m          sqdist.m

1。将matlab代码编译成共享库

然后按照this post运行命令：

^{pr2}$

大约一分钟后，终端打印MEX completed successfully，在我的文件夹中有

panc:csi-1.0 panc25$ ls
center.m             csi.m                csi_gaussian.dll     demo_csi.m           libcsi.exports       readme.txt
csi.c                csi.mexglx           csi_gaussian.m       libcsi.cpp           libcsi.h             sqdist.m
csi.dll              csi_gaussian.c       csi_gaussian.mexglx  libcsi.dylib         mccExcludedFiles.log

其中libcsi.dylib是我想要的共享库。在

2。在Python中加载库

然后我打开IPython并尝试加载库：

In [1]: import ctypes

In [2]: ctypes.C
ctypes.CDLL       ctypes.CFUNCTYPE

In [2]: ctypes.CDLL('libcsi.dylib')
---------------------------------------------------------------------------
OSError                                   Traceback (most recent call last)
<ipython-input-2-b6d0c1a91651> in <module>()
----> 1 ctypes.CDLL('libcsi.dylib')

/Users/panc25/anaconda/lib/python2.7/ctypes/__init__.pyc in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error)
    363
    364         if handle is None:
--> 365             self._handle = _dlopen(self._name, mode)
    366         else:
    367             self._handle = handle

OSError: dlopen(libcsi.dylib, 6): Library not loaded: @rpath/libmwmclmcrrt.8.3.dylib
  Referenced from: /Users/panc25/Downloads/csi-1.0/libcsi.dylib
  Reason: image not found

即使我用完整路径替换ctypes.CDLL('libcsi.dylib')中的文件名，这个问题仍然存在。在

所以我很困惑。共享库在那里，但是为什么Python说“找不到图像”？

顺便说一句

由于源代码也通过mex.h提供C实现，所以我还尝试先创建一个.mex文件，然后将{}编译到共享库中，如下所示：

panc:csi-1.0 panc25$ mex csi.c

它创建了csi.mexmaci64文件。然后根据this link，我打电话给：

panc:csi-1.0 panc25$ mcc -B csharedlib:csi2 csi.mexmaci64

生成了csi2.dylib文件。在

但是当我试图用Python加载它时，我遇到了同样的错误。在

有谁能告诉我出什么事了吗？

Answer 1

我将完全避免使用Matlab，而是使用PyMC2中提供的不完全的Cholesky分解：

from pymc.gp.incomplete_chol import ichol_full

f2py包装的Fortran代码实际上是从MEX文件改编而来的，可以在here中找到。如果需要的话，可以独立于PyMC2使用它。在

如果您感兴趣，您还可以建议将此函数添加到scipy中（请参见githib issue）。在