用原生Python解析DICOM文件

Question

解析DICOM文件的最简单、最恶毒的方法是什么？

最好是不使用非Python库的本地Python实现。DICOM是数字医学成像中的标准文件格式（有关详细信息，请参阅here）。

<>有一些C/C++库支持DICOM文件的读取（子集）。其中两三个甚至有Python绑定。本机Python解析器有两个用途：

1. 不需要构建任何外部C/C++库。
2. 了解DICOM文件格式。

Answer 1

这些天我在大量使用pydicom，而且它很厉害。

开始玩它很容易：

import dicom 
data = dicom.read_file("yourdicomfile.dcm")

要从“data”对象中获取有趣的内容，以某种方式类似于dcmdump输出：

for key in data.dir():        
    value = getattr(data, key, '')
    if type(value) is dicom.UID.UID or key == "PixelData":
        continue

    print "%s: %s" % (key, value)

我认为了解dicom格式的一个很好的方法是打开类似的文件，编写代码，根据不同的方面对它们进行比较：学习描述、窗口宽度和中心、像素表示等等。

玩得开心！：）

Answer 2

如果你想了解DICOM格式，Oleg Pianykh的《医学数字成像与通信（DICOM）：实用介绍与生存指南》（DICOM:A Practical Introduction and Survival Guide）是一本可读性很强的书，它很好地介绍了DICOM的关键概念。斯普林格·维拉格是这本书的出版商。当然，完整的DICOM标准是最终的参考，尽管它有点吓人。可从NEMA（http://medical.nema.org）获得。

文件格式实际上比您想象的要不那么深奥，它由一个前导码和一系列数据元素组成。前导码包含ASCII文本“DICM”和几个未使用的保留字节。前导之后是一系列数据元素。每个数据元素由元素的大小、表示值表示的两个字符的ASCII代码、DICOM标记和值组成。文件中的数据元素按其DICOM标记号排序。图像本身只是另一个具有大小、值表示等的数据元素

值表示确切地指定了如何解释该值。是个号码吗？是字符串吗？如果是字符串，是短字符串还是长字符串？允许使用哪些字符？值表示代码告诉您这一点。

DICOM标记是一个4字节的十六进制代码，由一个2字节的“组”号和一个2字节的“元素”号组成。组号是一个标识符，它告诉您标签应用于哪个信息实体（例如，组0010表示患者，组0020表示研究）。元素编号标识值的解释（如患者的ID号、序列描述等）。为了找出应该如何解释该值，您的代码在字典文件中查找DICOM标记。

还有其他一些细节，但这是它的本质。也许学习文件格式最有启发性的事情就是以一个DICOM文件为例，用hex编辑器查看它，然后在思想上分析它。我建议不要试图通过查看现有的开源实现来了解DICOM，至少在最初是这样。它更容易混淆而不是启发。了解全局更为重要。一旦你掌握了大局，你就可以进入微妙的阶段。

Answer 3

从今天起，还有一个纯Python包可以读取DICOM文件：pydicom