我有一个pdb文件,我想用python解析pdb,我想在pdb中找到以下残留物:
1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area
我试过用pybel
^{pr2}$但是,我只能看到一些财产。在
'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write
如何从pdb中找到这3个属性?我可以使用python中可用的任何模块来获取这些属性。在
正如这个1答案中提到的,BioPython 2为解析
.pdb
文件提供了支持汗腺性(每种AA)可在以下方面找到:
Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd
我想你得加上所有的氨基酸值,然后得到总体的憎恶性。在
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html
您可以使用GROMACs(http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html)来获取其他两个参数。查看C源代码(https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp),这些参数远不是显而易见的计算。在
我会用一个
subprocess.Popen()
来包装gmx_sasa
,然后得到结果。在相关问题 更多 >
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