从pdb-fi得到残基的性质我有一个pdb文件,我想用python解析pdb,我想在pdb中找到以下残留物: 1. hydrophobicity 2. interface topology 3. solvent accessib ...2024-05-17 已阅读: n次
Pymol:使用命令颜色特定链上的残留物命令我不能只给Pymol中的一个特定链的残基着色。抱歉,这似乎是一个清晰的初学者问题。你知道吗 到目前为止,我只能对所有链上具有特定值(例如141)的所有残留物着色。你知道吗 #I want to col ...2024-05-17 已阅读: n次
如何在python中搜索文件并从中读取行我有一个巨大的文本文件,大约有100000行,我想读。我对所有的内容都不感兴趣。我想搜索以“残留物XXX”开头的行 从那里读下三行。 我不想在缓冲区读取列表中的整行。有没有一种有效的方法来搜索这一行并 ...2024-05-17 已阅读: n次
利用Biopython库去除PDB中的残留物使用biopython库,我想删除列表中列出的残留物,如下所示。这个线程(http://pelican.rsvs.ulaval.ca/mediawiki/index.php/Manipulating_ ...2024-05-17 已阅读: n次
使用Python进行圆弧的三维点拟合到圆(回归)我对python比较陌生。我的问题如下 我有一组噪声数据点(x,y,z)在任意平面上形成一个二维弧。 我想要一个通过这些点的最佳拟合圆,然后返回:中心(x,y,z),半径,和残留物。在 如何在pyth ...2024-05-17 已阅读: n次
Biopython PDB:get Reseq公司我从一个pdb文件中分析出一个残留物列表: res_list=PDB.Selection.unfold_entities(Find_chain(par), 'R') (Find_chain是一个选择 ...2024-05-17 已阅读: n次
如何用生物球获得残留物中的原子我在和Biopython合作。我想找出残留物中的原子。在 from Bio import PDB pdb = "1dly.pdb" name = pdb[:3] p = PDB.PDBParser ...2024-05-17 已阅读: n次
使用特定格式解析多个文件中的数据并组合它们的awk或sed命令我需要用不同的参数分析运行的化学程序的输出,并将感兴趣的信息组合成特定的格式。在 程序的每个输出文件如下表所示,它给出了特定pH值下质子化和非调理物种(残留物)的数量(此处为pH=0): Res ...2024-05-17 已阅读: n次
thoipap Thoippy 跨膜同二聚体界面预测算法(thoipa)是一种用于蛋白质相互作用分析的机器学习方法。 Thoipa仅从进化序列信息预测TM同二聚体界面残基。 thoipa的设计是为了补充实验方法, ...2024-05-17 已阅读: n次
privileged-residues 特权残基 特权残基包含将残基放置在可添加到rif的目标蛋白质表面上的方法。 免费软件:apache软件许可证2.0 文档:https://privileged-residues.readt ...2024-05-17 已阅读: n次
collective.forgetit 内容 Introduction Contributors Changelog Introduction ForgeTit去除已去除的产品残留物。 它不会删除您的内容对象。用ZMI来做。 它不 ...2024-05-17 已阅读: n次
propkatraj自述:propkatraj propkatraj.py可用于计算估计 蛋白质残留。我们使用一种集成方法 用平衡分子动力学对构象进行取样 模拟。然后我们应用快速启发式pka预测 PROPKA 3.1致 ...2024-05-17 已阅读: n次