我是生物信息学的新手,我正在尝试运行一个使用FastQC v0.11.3程序的管道。我在linux服务器上本地下载了该程序(没有sudo权限)。据我所知,FastQC是一个java编写的程序,需要java版本1.6或更高版本。
当我检查Java版本java -version
时,它返回:openjdk version "11.0.6" 2020-01-14 LTS
但当我尝试在管道中或单独运行fastqc时,它会返回以下错误:
Error: Could not find or load main class uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication
Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: uk.ac.babraham.FastQC.FastQCApplication
你知道我怎么解决这个问题吗?可能Java版本与fastqc不兼容? 任何想法都是有用的, 谢谢
您可能下载了源代码而不是二进制代码。如本线程中所述
https://github.com/s-andrews/FastQC/issues/19
二进制文件可以从
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip
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