如何将PyMOL中的命令输出保存到txt文件？

Question

我是PyMOL新手，我正在尝试编写一个python脚本，该脚本将生成一个.txt文件，并将PyMOL命令输出保存到该文件中。假设它有一个包含pdb文件名的数组和一个将每个文件与特定蛋白质对齐的for循环：

pdb = ["191L", "192L", "193L", "194L"]

cmd.fetch("190L")

for i in pdb:
cmd.fetch(i)
cmd.align(i, "190L")

PyMOL将计算每个路线的RMSD。我如何编写脚本，使其能够接受每个RMSD并将其保存到文本文件中

以下是我目前掌握的情况：

def get_rmsd():

cmd.fetch("190L")
for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "w")
   data = cmd.align(i, "190L")
   data = str(data)
   output.write(data)
   stored.f.close()

当我在PyMOL上调用该函数时，它会像预期的那样获取并对齐文件，但不会创建文本文件

Answer 1

我不会使用pymol.Scratch_Storage类。我会保持它的简单性，并做一些类似的事情：

1. 创建一个新文件“test.py”

2. 复制以下内容：

   from pymol import cmd
   import os
   
   
   def get_rmsd(pdbs, align_to):
       # a bit more reusable
       cmd.fetch(align_to)
       with open("rmsd.txt", "w") as w:
           # using context management will close the rmsd.txt automatically
           for pdb in pdbs:
               cmd.fetch(pdb)
               line = cmd.align(pdb, align_to)
               w.write(f"{line}\n")
   
       print(f"outfile: {os.path.join(os.getcwd(), 'rmsd.txt')}")
   
   
   get_rmsd(["191L", "192L", "193L", "194L"], "190l")
   

3. 使用以下命令从PyMOL终端运行脚本：run test.py

Answer 2

找到了我自己问题的答案，这个解决方案非常简单，哈哈

为每个所需输出分配变量，例如：

output = cmd.align("190L", "191L")

按原样在PyMOL中运行脚本，然后逐行将python代码输入其中，以“python”开头，以“python end”结尾

python
with open("rmsd.txt", "w") as f:
   f.write(output)
f.close()
python end

这是一个非常基本的例子，但这就是它的要点

Answer 3

for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "w")
   data = cmd.align(i, "190L")
   data = str(data)
   output.write(data)
   stored.f.close()

尝试：

for i in pdb:
   cmd.fetch(i)
   output = open("rmsd.txt", "a")
   data = cmd.align(i, "190L")
   output.write("%s\n" % data)
   output.close()

我应该做这项工作