隐马尔可夫模型在R或python中的实现

Question

你知道关于如何在python，R（Bioconductor）中实现HMM的好的文献和/或教程吗？（尤其是序列分析）

Answer 1

GHMM for python有一个tutorial，但它很短，他们承认“Currently, the GHMM is utterly lacking in documentation.”

我喜欢the Rabiner paper。

我有一份关于the use of HMM for genetic mapping的技术报告。

我建议你读一点Rabiner，然后实现一些东西。前进/后退方程只是几行。

Answer 2

CRAN上有一个HMM包，这可能是一个好的开始。

http://cran.at.r-project.org/web/packages/HMM/index.html

这很容易从R本身找到：

RSiteSearch("HMM")