多标签行军立方体和体积数据的简化。
zmesh的Python项目详细描述
zmesh:多标签行进立方体和网格简化
fromzmeshimportMesherlabels=...# some dense volumetric labeled imagemesher=Mesher((4,4,40))# anisotropy of imagemesher.mesh(labels)# initial marching cubes passmeshes=[]forobj_idinmesher.ids():meshes.append(mesher.get_mesh(obj_id,normals=False,# whether to calculate normals or not# tries to reduce triangles by this factor# 0 disables simplificationsimplification_factor=100,# Max tolerable error in physical distancemax_simplification_error=8))mesher.erase(obj_id)# delete high res meshmesher.clear()# clear memory retained by meshermesh=meshes[0]mesh=mesher.simplify(mesh,# same as simplification_factor in get_meshreduction_factor=100,# same as max_simplification_error in get_meshmax_error=40,compute_normals=False,# whether to also compute face normals)# apply simplifier to a pre-existing meshmesh.verticesmesh.facesmesh.normalsmesh.triangles()# compute triangles from vertices and faces# Extremely common obj formatwithopen('iconic_doge.obj','wb')asf:f,write(mesh.to_obj())# Common binary formatwithopen('iconic_doge.ply','wb')asf:f,write(mesh.to_ply())# Neuroglancer Precomputed formatwithopen('10001001:0','wb')asf:f.write(mesh.to_precomputed())
安装
如果您的系统提供二进制文件：
pip install zmesh
^ {EM1}$需要一个C++编译器
sudo apt-get install python3-dev libboost-all-dev pip install zmesh --no-binary :all:
性能调节
- 在64位模式下，如果 对象在X、Y或Z轴上超过<；511、1023、511>；。这是由于一个限制 32位格式的。也可能得到x到1023。
- 输入标签转换为uint32或uint64。使用这些数据类型之一可避免复制。
- 网格程序按C顺序处理。
相关项目
- Igneous-使用云计算可视化connectomics数据。
学分
感谢Aleks Zlateski创造和分享这个美丽的网格。
后来由威尔·西尔弗史密斯、尼科·肯尼茨和吴景鹏修改。
参考文献
- 洛伦森和克莱恩。”行进立方体：一种高分辨率的三维曲面构造算法”。163-169页。计算机图形学，第21卷，第4期，1987年7月。
- tk二次边折叠纸
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