ga4gh工作流执行服务参考实现
wes-service的Python项目详细描述
工作流即服务
这为 通用工作流语言。
它提供一个Arvados 后端。它也适用于任何支持cwl的cwl-runner。 标准命令行界面： http://www.commonwl.org/v1.0/CommandLineTool.html#Executing_CWL_documents_as_scripts
安装：
pip install wes-service
使用默认的cwl-runner后端运行独立服务器：
$ wes-server
提交要运行的工作流：
$ wes-client --host=localhost:8080 myworkflow.cwl myjob.json
列出工作流：
$ wes-client --list
获取工作流状态：
$ wes-client --get <workflow-id>
从工作流获取stderr日志：
$ wes-client --log <workflow-id>
服务器选项
使用arvados后端运行独立服务器：
$ wes-server --backend=wes_service.arvados_wes
对cwl_runner backend使用不同的可执行文件
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt runner=cwltoil
向CWL转轮传递参数
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt extra=--workDir=/
客户端环境选项
设置服务终结点：
$ export WES_API_HOST=localhost:8080
设置要传入Authorization头的值：
$ export WES_API_AUTH=my_api_token
设置协议（http、https之一）
$ export WES_API_PROTO=http
欢迎加入QQ群-->： 979659372
