多样本结构变量分析的交互式热图
variantmap的Python项目详细描述
VariantMap-多样本结构变量分析的交互式热图
VariantMap是一种基因组结构变异（SV）可视化技术，它在 互动热图。它是一个基于浏览器的应用程序，通过绘图实现Dash。每行 热图代表一个输入样本，每一列代表在样本队列中找到的SV breakend。颜色 指示样本中存在的SV的类别。只需将鼠标悬停在每个变体上，就可以显示每个变体的更多详细信息 . 通过在“自定义”选项卡中更改各种组件，可以自定义热图以适合您的分析。在
VariantMap需要一个dataframe对象（HDF5文件），该对象可以由VariantBreak生成，而该对象又需要NanoVar生成的VCF文件，后者使用third调用SVs -生成长读测序数据。未来的升级将使VariantBreak能够使用其他工具生成的VCF文件。在
基本功能
- 可视化样本队列中变异及其类别的流行率
- 用户友好的界面，无需使用编程语言即可分析和自定义数据
- 只需将鼠标悬停在变量大小、得分、阅读覆盖率和基因型上，就可以获得这些变量
- 根据输入的基因名称、基因类型、基因特征、重复元素或其他注释轻松过滤变体 注释文件
- 只需单击一次即可拍摄热图快照
- 方便直接从应用程序界面上传数据集
入门
启动应用程序并上载您的HDF5（.h5）数据集
# This Python script is installed in your PATH, execute it from anywhere
variantmap_app.py
操作系统：
- Linux（x86_64架构，在Ubuntu 16.04中测试）
安装：
有三种安装VariantMap的方法：
选项1:Conda
^{pr2}$选项2:Pip
# Installing from PyPI
pip install variantmap
选项3:GitHub
# Installing from GitHub
git clone https://github.com/cytham/variantmap.git
cd variantmap
pip install .
安装依赖项
应该自动安装，否则必须手动安装：
- 熊猫>；=1.1.4
- 破折号>；=1.17.0
- 表>；=3.6.1
1。熊猫
pip install pandas
或者 请访问here获取安装说明。在
2。dash
pip install dash
或者 请访问here获取安装说明。在
3。tables
pip install tables
或者
conda install -c conda-forge pytables
文件
有关详细信息，请参见wiki。在
版本控制
引文
不可用
作者
- Tham Cheng Yong-cytham
许可证
VariantMap是根据GNU通用公共许可证授权的-有关详细信息，请参见LICENSE.txt。在
局限性
- 在
VariantMap只与VariantBreak生成的HDF5数据集兼容
在 - 在
VariantMap可能无法处理Google Chrome中的大型HDF5文件（大于32M）。请尝试使用Mozilla Firefox来实现这些更大的功能 文件夹。在
在
- 项目
标签：
欢迎加入QQ群-->： 979659372
