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ultraheatmap的Python项目详细描述


#超热图

ultraheatmap有助于生产[deeptools](https://github.com/deeptools/deepTools) 热图。热图通常显示基因组区域的信号,这可以是 附加正交数据,如相关基因表达。超热图 有助于将正交数据添加到deeptools矩阵,并允许对 只需一次命令行调用,即可通过选定样本绘制基因组热图。

##入门

这些说明将为您提供一份在本地计算机上运行的ultraheatmap。

###先决条件

先决条件可以在Requirements.yaml中找到

###安装

首先,获取源代码:

git clone https://github.com/maxplanck-ie/ultraheatmap.git

然后,通过运行以下命令行,创建一个具有所有先决条件的新conda环境:

conda env create -f requirements.yaml

然后激活环境:

conda activate ultraheatmap

要在此环境中安装程序:

python setup.py install

或者,可以使用pipconda来安装软件包。强烈建议您在安装之前创建一个新的conda环境,并在激活此环境后安装它。

从ultraheatmap目录。现在,您已经安装了程序,可以通过调用它们来访问每个模块。尝试

$ ultraheatmap -h ,

$ computeOrderedMatrix -h

$ AddFeatureToMatrix -h

要终止环境运行:

conda deactivate

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