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ultraheatmap的Python项目详细描述
#超热图
ultraheatmap有助于生产[deeptools](https://github.com/deeptools/deepTools) 热图。热图通常显示基因组区域的信号,这可以是 附加正交数据,如相关基因表达。超热图 有助于将正交数据添加到deeptools矩阵,并允许对 只需一次命令行调用,即可通过选定样本绘制基因组热图。
##入门
这些说明将为您提供一份在本地计算机上运行的ultraheatmap。
###先决条件
先决条件可以在Requirements.yaml中找到
###安装
首先,获取源代码:
git clone https://github.com/maxplanck-ie/ultraheatmap.git
然后,通过运行以下命令行,创建一个具有所有先决条件的新conda环境:
conda env create -f requirements.yaml
然后激活环境:
conda activate ultraheatmap
要在此环境中安装程序:
python setup.py install
或者,可以使用pip或conda来安装软件包。强烈建议您在安装之前创建一个新的conda环境,并在激活此环境后安装它。
从ultraheatmap目录。现在,您已经安装了程序,可以通过调用它们来访问每个模块。尝试
$ ultraheatmap -h ,
$ computeOrderedMatrix -h
或
$ AddFeatureToMatrix -h
要终止环境运行:
conda deactivate