简化系统基因组数据的收集、处理和可视化
trifusion的Python项目详细描述
三核聚变
使系统基因组数据的收集、处理和可视化变得更容易
网址：http://odiogosilva.github.io/trifusion/" rel="nofollow">http://odiogosilva.github.io/trifusion/
：loudspeaker：宣布：Trifusion 1.0.0已上线！：tada：：气球：
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trifusion是一个现代的gui和命令行应用程序，旨在使任何具有蛋白质组和/或对齐序列数据的人的生活变得更轻松和愉快。无论你在生物信息学方面的经验如何，trifusion都很容易使用，并且提供了一系列强大的功能来帮助你处理数据。同时，它也是为了处理当今产生的大量数据而开发的。
trifusion是一个开源的跨平台应用程序，它使用python 2.7编写，并使用kivy框架构建图形界面。
三聚能为你做什么？
以下是它在三个主要模块中可以为您做什么的概述。
正畸学-跨蛋白质组搜索和探索正畸
- 跨多个物种搜索正交序列。
- 根据存在的基因拷贝数和/或分类单元数筛选正交序列。
- 正交测井数据的图形可视化。
- 以蛋白质或核苷酸序列的形式导出您的原始记录
处理-快速处理对齐文件
- 将对齐文件转换为几种常用格式（检查支持的格式，请参见）。
- 将相同序列折叠成相同的单倍型。
- 为每个路线创建一致性序列，并提供几个关于如何处理序列变化的选项。
- 筛选对齐（根据它们是否包含或排除某些分类单元，到分类单元和/或可变位点的最小比例）或对齐列（根据密码子位置、缺失数据和间隙）。
- 将对齐的索引模式编码成附加到对齐的二进制矩阵。
- 还原串联对齐或将子区域导出到单个文件中
- 设置基因和密码子分区以及替换模型（nexus格式）
- 创建文件/分类组以快速对不同的数据集执行操作。
- 它的快速和记忆效率。转换包含376个taxa的3093个文件只需30秒，并且使用的RAM内存小于90MB（查看基准表）。
统计数据-轻松地对数据进行可视化探索
- 提供有关总体和每个基因的即时信息。
- Trifusion提供了数十种图形和统计选项来探索您的数据：
- 一般信息图。
- 多态性和序列变异图。
- 缺少数据图。
- 异常曲线图。
- 出版准备图
安装
可执行文件二进制文件（仅限gui版本）
trifusion的最新稳定版本可以使用以下安装程序之一作为独立应用程序安装。这只包括gui组件三次融合的t。如果您还需要命令行版本，请参见从源安装
Linux
基于Debian包的（请参阅列表）：trifusion-1.0.0rc1.deb
基于RPM包的（请参阅列表）：trifusion-1.0.0rc1.rpm
archlinux/manjaro（请参见列表）：trifusion-1.0.tar.xz在aur上可用。
Mac操作系统
窗口
Windows 8.x和10个用户的注意事项：
执行Trifusion安装程序可能会从SmartScreen生成警告。要继续安装，请单击"更多信息"标签，然后单击"无论如何运行"。
从源安装
trifusion打开了pypi，可以使用pip轻松安装。
# Install locally, without sudo permissions, using the --user flag
pip install trifusion --user
注意，trifusion是一个python2应用程序，因此请确保您的pip来自正确的python版本。如果python3是计算机上的默认安装，则可能需要运行pip2。
这个命令本身只安装trifusion的命令行版本。如果要安装带有gui库的完整trifusion包，请按照操作系统中的说明进行操作。
如果您不相信终端版本是有用的/实用的，请查看使用trifusion将614个fast a对齐处理为phylip和nexus输出格式是多么简单和快速：）： 关于如何将trifusion用于许多任务的教程可以在这里阅读。
使用OrthoMCL查找Ortholog群集时，请引用原始软件： Fischer，S.，Brunk，B.P.，Chen，F.，Gao，X.，Harb，O.S.，Idioce，J.B.，Shanmugam，D.，Roos，D.S.和Stoeckert，C.J.使用OrthoMCL将蛋白质分配给OrthoMCL DB群或将蛋白质组聚集成新的Ortholog群生物信息学中的当前协议。2011年35:6.12.1-6.12.19。 我们现在正在为三合一做手稿。 欢迎加入QQ群-->： 979659372
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