taxtastic 0.8.11

我们喜欢它，但它是什么？

• quickstart
• full documentation

名为taxit的脚本提供命令行界面：

% taxit  --help
usage: taxit [-h] [-V] [-v] [-q]
             {help,add_nodes,add_to_taxtable,check,composition,create,extract_nodes,findcompany,get_lineage,info,lonelynodes,new_database,refpkg_intersection,reroot,rollback,rollforward,rp,strip,taxids,taxtable,update,update_taxids}
             ...

Creation, validation, and modification of reference packages for use with
`pplacer` and related software.

positional arguments:
  {help,add_nodes,add_to_taxtable,check,composition,create,extract_nodes,findcompany,get_lineage,info,lonelynodes,new_database,refpkg_intersection,reroot,rollback,rollforward,rp,strip,taxids,taxtable,update,update_taxids}
    help                Detailed help for actions using `help <action>`
    add_nodes           Add nodes and names to a database
    add_to_taxtable     Add nodes to an existing taxtable csv
    check               Validate a reference package
    composition         Show taxonomic composition of a reference package
    create              Create a reference package
    extract_nodes       Extract nodes from a given source in yaml format
    findcompany         Find company for lonely nodes
    get_lineage         Calculate the taxonomic lineage of a taxid
    info                Show information about reference packages.
    lonelynodes         Extracts tax ids of all lonely nodes in a taxtable
    new_database        Download NCBI taxonomy and create a database
    refpkg_intersection
                        Find the intersection of a taxtable and a refpkg's
                        taxonomy.
    reroot              Taxonomically reroots a reference package
    rollback            Undo an operation performed on a refpkg
    rollforward         Restore a change to a refpkg immediately after being
                        reverted
    rp                  Resolve path; get the path to a file in the reference
                        package
    strip               Remove rollback and rollforward information from a
                        refpkg
    taxids              Convert a list of taxonomic names into a recursive
                        list of species
    taxtable            Create a tabular representation of taxonomic lineages
    update              Add or modify files or metadata in a refpkg
    update_taxids       Update obsolete tax_ids

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -V, --version         Print the version number and exit
  -v, --verbose         Increase verbosity of screen output (eg, -v is
                        verbose, -vv more so)
  -q, --quiet           Suppress output

安装

taxtastic需要python版本2.7或3.4+。最简单的 安装方法是使用pip：

pip install taxtastic

我们强烈建议安装到virtualenv中。干净的 Ubuntu16.04系统，安装 taxtastic包和 下面是virtualenv。注意python2.7不再安装 在16.04中默认为：

sudo apt-get update
sudo apt-get install python2.7 python-virtualenv

安装python2之后，创建一个virtualenv并安装taxtastic：

virtualenv taxtastic-env

或者使用python3.4+：

python3 -m venv taxtastic-env

然后，对于所有python版本：

source taxtastic-env/bin/activate
pip install -U pip
pip install taxtastic

如果您喜欢从git存储库安装：

git clone https://github.com/fhcrc/taxtastic.git
cd taxtastic
virtualenv taxtastic-env  # eg, for python2
source taxtastic-env/bin/activate
pip install .

如果你想危险地生活并将软件包安装到系统中 尽管我们请求不要这样做：

sudo apt-get install python-pip
sudo pip install taxtastic

如果您不熟悉python虚拟环境，则 以下帖子很有帮助： https://realpython.com/blog/python/python-virtual-environments-a-primer/

最后，taxit可以从Docker托管的Docker映像运行 轮毂（https://hub.docker.com/r/nghoffman/taxtastic/），例如：

docker run --rm -it -v $(pwd):$(pwd) -w $(pwd) nghoffman/taxtastic:0.8.3 taxit -v new_database

注意，必须指定给定版本的标记：使用 :latest（对于这个或任何其他Docker映像）不是很好 可复制！

python -c 'import sqlite3; print sqlite3.sqlite_version'

dev/install_pysqlite.sh

curl https://raw.githubusercontent.com/fhcrc/taxtastic/master/dev/install_pysqlite.sh | bash

python -c 'from pysqlite2 import dbapi2; print dbapi2.sqlite_version'

关于数据库的说明

此项目同时支持sqlite3和postgresql作为数据库 后端。对于大多数应用程序，我们建议使用sqlite3：一些操作 （特别是最初的数据库创建）使用sqlite3要快得多 由于postgresql如何实施数据库约束的细节（我们 在未来可能会尝试优化它-理论上，postgresql可以 做得至少和它一样快）。如果您确实想使用PostgreSQL，请注意 一些查询会消耗大量内存，默认情况下 配置往往是内存受限的（而且这个really速度变慢了 一切都结束了）。在一台相当新的Mac笔记本电脑上，我们发现 此处建议的优化 （http://big-elephants.com/2012-12/tuning-postgres-on-macos/）执行 诡计。