未提供项目说明
synthaser的Python项目详细描述
合成器
过程
synthaser分析批处理NCBI保守域搜索的结果并确定
次生代谢产物合成酶的结构域结构。在
安装
使用pypip安装：
$ pip install --user synthaser
或者克隆repo并在本地安装：
^{pr2}$依赖关系
synthaser是为python3.6+编写的，它唯一的外部Python依赖项是
requests，用于查询NCBI的api。在本地执行
搜索、程序RPS-BLAST以及CD搜索后处理
应安装实用程序rpsbproc（可从…）获得）
使用
完整的synthaser搜索可以简单地执行：
$ synthaser -qf sequences.fasta
其中sequences.fasta是包含蛋白质序列的FASTA格式文件
你想搜索的。在
有关可用参数的完整列表，请输入：
$ synthaser -h
可视化结果
synthaser能够生成完全交互式的、带注释的可视化效果
所以你可以很容易地探索你的结果。只需要一个
额外参数：
$ synthaser -qf sequences.fasta -p
这将生成如下图形：
单击此处可查看此示例的完整版本。在
保存搜索会话
synthaser允许您保存您的搜索结果，以便可以轻松地进行搜索
重新加载以进行进一步的可视化或探索，而不必完全重新加载
搜索。在
为此，请使用--json_file命令：
$ synthaser -qf sequences.fasta --json_file sequences.json
这将以JSON格式将所有结果保存到文件中
sequences.json。然后，将这个会话重新加载到synthaser中也同样容易
作为：
$ synthaser --json_file sequences.json ...
使用自己的规则
虽然synthaser最初设计用于分析次级代谢产物合成酶，
它可以很容易地用于分析
任何类型的蛋白质序列。在
在幕后，synthaser使用两个文件来确定1）要保存哪些域
从CD搜索运行（domains.json）和2）用于根据
域体系结构（rules.json）。默认情况下，synthaser将使用这些副本
与程序一起分发的这些文件。但是，提供您自己的规则
简单到：
$ synthaser -qf sequences.fasta -df my_domains.json -cf my_rules.json
有关如何创建自己的synthaser规则文件的详细说明，
以及API
请参考documentation。在
引用
如果您发现synthaser有用，请引用：
1. <pending>
- 项目
标签：
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