基于甲基化模式的亚克隆组成的无参考推断
subclone-prism的Python项目详细描述
甲基化p基于模式，r无参考值i无参考值s亚克隆值m增加。（v1.0.1）
先决条件
- BAM文件的RRB读取，由bismark对齐。
Prism需要亚硫酸氢盐读取映射工具Bismark的映射结果。还要注意，prism只适用于rrbs数据，不幸的是，prism对来自其他甲基化分析技术（如全基因组亚硫酸氢盐测序（wgbs）、甲基化dna免疫沉淀测序（medip-seq）或甲基cpg结合域捕获测序（mbdcap-seq））的数据的可行性尚未得到验证。
安装
prism可以通过pypi安装。
pip install subclone-prism
文档
下面是简单的快速入门用法。如果您感兴趣，请参阅full documentation。
用法
棱镜分析分三步进行：extract-preprocess-deconvolute。
快速启动
# Extract epiloci from BAM file. prism extract -i sample.bam -o sample.met # Preprocess epiloci to get finer estimates of epigenetic subclones# and to increase the number of fingerprint epiloci. prism preprocess -i sample.met -o sample.corrected.met # Infer the subclonal composition of the sample.# 1-sample deconvolution. prism deconvolute -i sample.corrected.met -o sample.prism.result # 2-sample deconvolution. prism deconvolute -i sample1.corrected.met sample2.corrected.met -o sample.prism.result # Scatterplot for visualization of the result. prism scatter -i sample.prism.result -o sample.png # Annotation of fingerprint epiloci for functional characterization of# discovered epigenetic subclones. prism annotate -i sample.prism.result -o sample.prism.annotated.result \ --beds annotation_a.bed annotation_b.bed \ --annotation-names ANNOTATION-A ANNOTATION-B
提取
prism extract命令从bam文件中提取有活力的外显子。
换句话说，它提取基因组区域，其中包含足够数量的映射读取（>；=d）和足够数量的cpg（>；=c）。
生成包含这些epilocis信息的结果文件，其文件扩展名随后为.met。
要使用默认设置（d=20，c=4）提取epilocis，只需运行下面的命令：
prism extract -i sample.bam -o sample.met
如果要为所需的排序深度和cpg的数量指定自己的截止值，例如d=15和c=3，请按如下方式运行：
prism extract -i sample.bam -o sample.met -d 15 -c 3
请注意，根据使用的参考基因组，您可能需要指定-u/--prepend-chr选项。
另外，您应该使用-x/--paired选项来通知prism您正在使用成对的末端排序数据。
有关所有选项的详细说明，请运行prism extract -h。
预处理
prism preprocess命令修正甲基化模式中的错误，以放大{em1}$指纹外显位点的数目，并校准亚克隆大小估计。
prism preprocess -i sample.met -o sample.corrected.met
使用-t/--threads选项进行多线程处理可能会使您受益匪浅。
prism preprocess -i sample.met -o sample.corrected.met -t 30此步骤是资源密集型的，因此默认情况下Prism会尝试预过滤不太可能是指纹外点的外点。
当然，这个预过滤可以通过-f/--no-prefilter选项关闭，这确实可以更好地估计子克隆。
但是，请注意，根据您的数据大小，此步骤将持续很长时间。
为了帮助您决定是否应用预过滤，对于30个线程（-t 30）~2亿个met文件，在没有预过滤的情况下预处理大约需要5个小时。
prism preprocess -i sample.met -o sample.corrected.met --no-prefilter -t 30有关所有选项的详细说明，请运行prism preprocess -h。
反褶积
prism deconvolute命令推断样本的亚克隆组成。简单地给出甲基化模式校正的表位基因文件。
prism deconvolute -i sample.corrected.met -o sample.prism.result
棱镜的另一个特点是可以同时利用单个肿瘤的两个或多个样本，共同推断亚克隆成分。要触发联合分析，请指定corrected.met文件的列表。
prism deconvolute -i sample1.corrected.met sample2.corrected.met -o sample.prism.result
有关所有选项的详细说明，请运行prism deconvolute -h。
散布
prism scatter命令生成棱镜分析结果的散射图。
你需要一个prism deconvolute的结果。
anlaysis的维度（即，您给prism deconvolute命令提供的样本数）不应超过三个，以使其可视化。
请注意，输出文件的文件扩展名应该是图像文件（如png、jpg或pdf）的通用扩展名。
prism scatter -i sample.prism.result -o sample.png
注释
prism annotate命令对棱镜分析结果进行函数注释。
它需要收集基因组间隔作为床文件。为prism annotate提供一个或多个床文件，每个床文件都有代表性的注释项。
基本的它只生成带注释的结果，另外一列有逗号分隔的术语，epilocis被注释到这些术语上。
prism annotate -i sample.prism.result -o sample.prism.annotated.result --beds annotation_a.bed annotation_b.bed --annotation-names ANNOTATION-A ANNOTATION-B
要提取带有特定注释项的epilocits，请使用下面的命令。
cat sample.prism.annotated.result | grep 'ANNOTATION-A'
此外，还可以使用--figure选项生成带注释的散点图。
prism annotate -i sample.prism.reslt -o sample.prism.annotated.result --beds annotation_a.bed annotation_b.bed --annotation-names ANNOTATION-A ANNOTATION-B --figure sample.prism.annotated.png
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