物种代谢相互作用分析(smetana)是一个基于python的命令行工具,用于分析微生物群落。
smetana的Python项目详细描述
斯梅塔纳
物种代谢相互作用分析(smetana)是基于python的 用于分析微生物群落的命令行工具。
它以微生物群落作为输入(来自 sbml格式的基因组规模代谢模型)和几个 描述交互作用潜力的指标 在社区成员之间。
文件
有关详细信息,请检查:http://smetana.readthedocs.io/
安装
可以使用pip轻松安装
pip install smetana
引用斯梅塔纳的话:
这里实现的算法在前面已经描述过了: Zelezniak et al, PNAS (2015)。