SGS工具箱
sgs-utils的Python项目详细描述
sgs utils是一个python库的集合,它允许操作与sgs相关的文件,特别是shogen的输入和输出。
要求
- 兼容的shell(bash可以,dash不可以)
- awk,sort
- libsbml
- python 2.7(可选:pip)
- sgs-utils
- python-libsbml(≥ 5.12.0)
- networkx
- shogen
- pyasp(= 1.3.x,pyasp的python 2.7分支)
如何安装
安装sgs-utils时,将自动安装所有必需的python依赖项。
警告
如果您已经在系统中的某个位置安装了pyasp版本(系统范围、用户范围或virtualenv安装),并且何时在其他位置安装sgs实用程序(和shogen),则setup.py脚本可能无法在新安装中下载和安装clasp和gringo二进制文件。 这个问题与setuptools和pip管理安装缓存的方式有关。没有自动解决方法。
您可以检查^ {tt18} $和^ {tt19}$二进制文件是否安装在^ {tt13}$$目录中,它们类似^ ^ tt23 } $。
解决此问题的解决方案是使用--no-cache-dir选项重新安装pyasp,该选项强制pip和setuptools忽略缓存。
pip install pyasp==1.3.3 --user --ignore-installed --no-cache-dir
或者,您可以编译clasp和gringo3或从here下载它们的二进制文件,并将它们分别作为clasp和gringo文件复制/链接到pyasp二进制目录中。
使用pip
安装pip install --user sgs-utils
手动安装
从pypi website下载sgs-utils-x.yz.tar.gz,然后执行以下命令。
tar xvf sgs-utils-x.yz.tar.gz cd sgs-utils-x.yz python setup.py --user install cd .. rm -r sgs-utils-x.yz
确认
这项工作得到了Fondap 15090007、基础项目PFB-03 CMM、Inria Assoc.团队、ANR-10-Blanc-0218和Ciric-Inria Chile(Line Natural Resources)的资助。