细菌组合中感兴趣基因（goi）存在的筛选
screen-assembl的Python项目详细描述
屏幕部件
在细菌集合中筛选感兴趣基因（goi）存在的管道。生成多个csv和描述哪些基因存在以及它们的序列如何变化的图。可以使用dna或蛋白质查询序列（gois）和dna contigs/fastas或蛋白质fastas作为数据库（db）进行搜索。
开始
您需要一个fasta文件，其中包含所有gois作为查询，以及一个包含db contigs/fastas的文件夹。数据库文件的名称中只能有一个“.”（即sample_1.fa而不是sample.1.fa）
先决条件
必需的
Python3
命令行爆炸
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
可选
欧米茄棒
iqtree
http://www.iqtree.org/doc/Quickstart
安装
pip3安装--用户屏幕程序集
确保screen_assembly3.py位于您的路径中
如果Tkinter丢失，请执行“sudo apt get install python3 tk”（在ubuntu上）
检查更新
pip3安装--用户屏幕程序集
运行测试
一旦screen_assembly3.py位于路径类型screen_assembly3.py-h中。如果您拥有所有依赖项，则将显示“帮助”菜单。否则，请读取ERORR并安装缺少的依赖项。
运行程序
请查看wiki
作者
- liam mcintyre-https://github.com/shimbalama/
许可证
这个项目是在麻省理工学院的许可证下授权的-请参见许可证https://github.com/shimbalama/screen_assembly/blob/master/LICENSE文件了解详细信息
致谢
- 马克·戴维斯实验室和杰克进行测试
欢迎加入QQ群-->： 979659372
