scipion-em-localrec 2.0

localrec scipion插件

低温电子显微术（cryoem）能产生高有序大分子配合物的近原子分辨结构。然而，通常，一些亚基以灵活的方式结合，与络合物的其余部分具有不同的对称性，或以亚化学计量量存在，限制了可达到的分辨率。我们已经开发了一种通用的方法，用于这种亚单位的局部三维重建（ilca等人，2015自然公社）。

在这个项目中，我们实现了作为scipion插件（locarec）的本地化重建。

如果本地化重建对您的工作有用，请引用：

Ilca SL，Kotecha A，Sun X，Poranen MM，Stuart di&Huiskonen JT（2015年）。大分子复合物电子冷冻显微图像亚基的局部重建。纳特公社68843号。doi:10.1038/ncomms9843

安装此插件

您需要使用2.0.0版本的scipion来运行这些协议。提供两个版本的插件：

稳定版本

请使用以下命令

scipion installp -p scipion-em-localrec

或

通过启动scipion和 遵循配置>；插件

开发者版本

1. 下载存储库：

git clone https://github.com/scipion-em/scipion-em-localrec.git

1. 安装：

scipion installp -p path_to_scipion-em-localrec --devel

1. 测试插件：

scipion test localrec.tests.test_protocol_localized_reconstruction

协议

到目前为止，已经实施了以下协议

• 局部子粒子：计算感兴趣的子粒子的方向及其在原始粒子图像中的位置。
• 过滤子单元：根据空间距离、角度距离等过滤子单元（子粒子）
• 局部提取：从一组粒子中提取计算出的子粒子。
• 缝合粒子：从其子粒子（子体积）重新生成粒子（体积）。

buildbot状态

状态开发版本：

状态生产版本：

致谢

作者感谢欧洲研究理事会根据欧盟地平线2020研究和创新计划（649053）提供的资金。